Стекавшиеся в Александрию клирики и монахи с Востока, недовольные распространением там взглядов, сходных, по их мнению, с несторианством, и жаловавшиеся на мнимые и действительные церковные злоупотребления в Антиохийской церкви, находили поддержку Диоскора, давали ему повод вопреки правилам первого Вселенского собора вмешиваться в дела соседних кафедр – Константинополя и Антиохии. Верного и влиятельного союзника Диоскор нашёл в лице Евтихия, архимандрита одного из константинопольских монастырей, фанатичного приверженца христологии «одной природы», крестного отца евнуха Хрисафия, всесильного в то время при дворе императора Феодосия II. В 446–448 гг. партии Диоскора и пресвитера Евтихия удалось, умело манипулируя опасениями верующих по поводу распространения на Востоке несторианской ереси, добиться заметных успехов. 17 февраля 448 г. по указанию императора Феодосия II был низложен епископ Ириней Тирский, некогда друг и соратник Нестория. Предписывалось сжигать работы Нестория, которые были приравнены к сочинениям неоплатоника Порфирия. С сентября того же года в Берите (современный Бейрут) началось разбирательство по делу епископа Ивы Эдесского, обвинявшегося в ереси и канонических преступлениях. Тогда же Диоскор открыто обвинил Антиохийского епископа Домна в приверженности к несторианству и в потворстве Феодориту, которому было разрешено проповедовать в храмах Антиохийской церкви. При этом Диоскор намекал, что преданные ему на Востоке монахи вскоре смогут доставить неприятности всякому, кто встанет на его пути. Низложение архимандрита Евтихия в ноябре 448 г. Константинопольским собором под председательством Флавиана за отказ признать соединение двух естеств во Христе после воплощения, а также за отрицание того, что Христос единосущен нам по плоти, стало серьёзным ударом для Диоскора. Однако Евтихия поддерживали двор императора Феодосия II и значительная часть египетского и сирийского монашества. Евтихий апеллировал к Риму и другим влиятельным центрам, в том числе к Александрии. Осуждение Евтихия дважды было предметом разбирательств на поместных Соборах в Константинополе весной 449 г., но уже 30 марта император назначил на 1 августа проведение Вселенского собора в Эфесе для нового пересмотра дела, созыв Собора был поручен Диоскору. В июне 449 г. Феодосий II передал на рассмотрение предстоящему Собору «дело» Ивы Эдесского. 6 августа Диоскор был назначен председателем Собора совместно с епископами Ювеналием Иерусалимским и Фалассием Кесарийским. 8 августа 449 г. под председательством Диоскора открылась первое заседание второго Эфесского собора. Первым разбиралось «дело» Евтихия. На вопрос Диоскора, «терпимо ли говорить о двух естествах после воплощения», Собор высказался отрицательно, анафематствовав всякого, кто так утверждает. Когда же было зачитано вероисповедание Евтихия («Господь наш состоит из двух естеств прежде соединения, а после соединения исповедую одно естество»), Диоскор вместе с Собором подтвердил это. Евтихий был объявлен православным, восстановлен в прежнем сане и получил назад управление монастырём.