По свидетельству Родригиша, ни один канон не обсуждался, индийские делегаты не понимали зачитываемые тексты и после окончания Собора Алежу ди Менезиш единолично добавил ряд догматов в документ «Деяния и постановления Диамперского Собора», состоящий из девяти разделов: «Вводная часть»; «Речь архиепископа и исповедание веры»; «Об ошибках в вере индийских христиан, о праздниках и почитании святых»; «О таинствах Крещения и Конфирмации»; «Догмат о таинстве Евхаристии»; «О епитимии и помазании»; «О таинствах Священства и Брака»; «О преобразованиях в Церкви»; «Об исправлении предания». В итоге индийские христиане приняли Filioque, иконопочитание, признали непорочное зачатие Божьей Матери. В богослужение было введено чтение Никейского Символа веры, поминание Римского папы, отменялось преломление и напоение вином хлеба – всего было внесено 20 изменений (сирийский язык богослужения был сохранён). Священное Писание было приведено в соответствие с Вульгатой, попали под запрет книги, которые содержали несторианское учение или искажения, вызванные влиянием местной культуры. Нововведениями стали целибат и инквизиция, заменившая местную практику ордалии, когда испытуемого заставляли прикасаться к раскалённому железу и опускать руку в кипящее масло или бросали в водоём с крокодилами. Серрская епархия была разделена на 70 приходов, её управляющим назначен архидиакон Георгий, а его помощниками – ректор Вайпикоттской семинарии и архиепископ Ангамали, подчинявшийся архиепископу Гоа, что означало понижение статуса епархии. 26 июня прошло подведение итогов Собора, а 29 июня была отслужена месса, и все участники, подписав итоговый документ и получив антиминсы, богослужебные книги и копии решений Собора, покинули Удаямперур. Сразу после завершения Диамперского собора возникли сомнения в его легитимности (например, в письме архиепископа Ангамали Родригиша на имя главы иезуитского ордена от 26 ноября 1603 г.). Несмотря на это, Малабарская церковь подчинялась Римско-католической церкви до 1653 г., когда многочисленная группа христиан поклялась у поклонного креста (Koonen Kurish Sathyam) в Маттанчери никогда не покоряться Ватикану, и таким образом возникли Сиро-Малабарская католическая церковь (Pazhayakuru – Старая Церковь) и Сиро-Яковитская церковь (Puttankuru – Новая Церковь). Последняя во второй половине XVII в. отказалась от Filioque, положений всех Вселенских соборов, кроме первых трёх, заменила опресноки квасным хлебом, католические облачения сирийскими, приняла формулу о единой богочеловеческой природе Иисуса Христа, а в начале XIX в. отменила целибат. Из заимствований у католиков в этой церкви сохранилось одновременное совершение нескольких литургий на разных престолах, осенение католическим крестным знамением, использование колокольчиков на богослужении.