В течение некоторого времени церковь в Чирской пустыни оставалась единственным старообрядческим храмом в России. Опасаясь закрытия храма, Досифей старался запастись Святыми Дарами, чтобы в «тысячи лет не оскудело», и просфору для Агнца «запасал велию, яко куличу», он снабжал Святыми Дарами беглых старообрядческих священников со всей страны. Среди последователей Евфросина, ученика Досифея, существовало представление, что «того таинства будет на 5000 лет 100 000 человекам без нужды». Старообрядцы называли Досифея «великим аввою» и «апостольским мужем». Почитание старообрядцами чирского храма и служившего в нём Досифея отразилось, в частности, в «Слове о некоем мужи именем Тимофеи», в котором повествуется о том, как десятилетний мальчик Иоанн имел видение Страшного Суда и торжества праведников в раю, среди которых названы многие основатели старообрядчества, в том числе Досифей (Иоанн видел в чирском храме Досифея «исповедающа, а Самого Господа прощающа и причащающа»). В «Слове о некоем муже Тимофее» также сообщается о том, что Досифей, живя в Чирской пустыни, осудил пользовавшееся одно время широкой популярностью на Дону хилиастическое учение Козмы Ларионова Косого, проповедовавшего скорое наступление «последнего дня и часа» и полное исчезновение в Московском государстве благочестия, церквей, священства и таинств. Когда в 1688 г. против донских старообрядцев был выслан правительственный отряд, часть их (в том числе Досифей) ушли за границу, во владения тарковского шамхала и поселилась на реке Аграхани, близ реки Кумы. «Жив лет некая», Досифей скончался там, как полагают исследователи, в преклонном возрасте; в 1691 г. Евфросин упоминает его как умершего. В середине 1690 гг. казаки (духовные дети Досифея) переселились из Тарковского владения на Кубань, взяв с собой тело своего духовного отца. Однако они «неподобательно взяша оно» – под останки было положено много серебра, «коего отец, жив сый, отвращашеся». Обоз переселенцев был разграблен татарами, которые останки Досифея «разсекоша и по полю на снедение зверем и птицам разметаша» (казаки их собрали и похоронили). Деятельность Досифея пришлась на тот период, когда две основные ветви старообрядчества (поповская и беспоповская) ещё не получили окончательного разделения. Досифей внёс большой вклад в укрепление обоих направлений. Он был одним из авторитетных отцов старообрядчества, выступавших за обязательное перекрещивание присоединяющихся к «старой вере», что впоследствии было характерно для беспоповских согласий. В Житии инока Корнилия Выговского говорится о состоявшемся в Москве «соборном» рассуждении «о никониянском крещении» с участием Досифея, Спиридона (Потёмкина), протопопов Аввакума и Даниила, священника Лазаря, диакона Фёдора, иноков Авраамия и Корнилия, постановивших крещение, совершённое по «новым книгам», «за крещение не вменяти... крещати второе». В данном случае важен не столько факт проведения Собора (возможно, в действительности не имевшего места), сколько то, что уже ранняя выговская традиция с именем Досифея связывает практику перекрещивания. Не случайно с Курженской обителью, центром старообрядчества в Поморье, где жил Досифей, связано проведение легендарного Собора 1656 г., в «постановлении» которого заложены основные принципы учения беспоповцев, в том числе требование перекрещивания.