В 1827 г. сооружена морская дамба между островами Большая и Малая Муксалма, спущены на воду построенные в соловецком доке два трёхмачтовых большегрузных морских судна («Николай Чудотворец» и «Преподобный Савватий»), предназначенные для перевозки богомольцев. В 1827–1829 гг. по воле императора Николая II в целях улучшения содержания заключённых была произведена реконструкция острога, который затем отделили от монастыря каменной стеной. В 1827–1831 гг. было расширено и отремонтировано подворье монастыря в Архангельске, куплены новые здания и участки, утверждён генеральный план. В 1832 г. перестроена старая ризница, над ней возведена новая каменная церковь во имя Николая Чудотворца. Особое внимание Досифей уделял архивной и издательской деятельности, пожертвовал большое количество книг в монастырскую библиотеку. По его указанию ссыльным учителем В. Воскресенским (впоследствии принявшим постриг с именем Кассиан) был заново систематизирован архив обители и составлена его опись. Были сняты копии с многих документов. В 1833 г. вышло в свет подготовленное Досифеем третье издание «Летописца Соловецкого», текст которого был исправлен и дополнен по архивным делам монастыря; описываемые события охватывали период с 1429 и до 1833 гг. В 1836 г. было издано фундаментальное описание Соловецкого монастыря в трёх частях, созданное под руководством Досифея (которому помогал В. Воскресенский). В работе был опубликован целый ряд архивных документов. Указом Святейшего Синода от 8 марта 1836 г. Досифей был переведён на должность настоятеля задонского Богородичного монастыря. При нём в задонском монастыре в 1837 г. было окончено строительство гостиницы, в 1838 г. в среднем этаже колокольни освящён главный престол церкви во имя Николая Чудотворца. Любивший породистых лошадей настоятель завёл для них особую конюшню. Юродивый Антоний Алексеевич Монкин предсказал Досифею новые испытания: сначала демонстративно скатился с амвона монастырской церкви Рождества Пресвятой Богородицы, а затем заставил Досифея целовать крест с панихидного стола. На недоумённый вопрос настоятеля: «Что это, Антоний Алексеевич, ты со мной делаешь?» – блаженный отвечал: «Не моя воля: так Бог велит!» Вскоре, 7 октября 1840 г., Досифей был уволен на покой по старости. Проживал в Симоновом Новом московском в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыре, в котором и похоронен. Награждён орденом св. Анны второй степени (1831 г.).