27 марта 1841 г., почти 100 лет после повсеместного введения духовной консистории как органа епархиального управления, был впервые издан утверждённый Святейшим Синодом Устав духовных консисторий. Это своего рода «духовный регламент» епархиального управления. Он состоит из 364 статей, объединённых в четыре раздела. В первом разделе речь идёт о значении консисторий и о правовых основаниях епархиального управления и суда, во втором – об обязанностях консисторий по охранению и распространению православной веры, по богослужению, по сооружению и благоустройству храмов, по церковному хозяйству. Третий раздел посвящён епархиальному суду, четвёртый – штатам консисторий и регламенту их делопроизводства. В основу Устава легли «Духовный регламент» и отдельные, изданные ранее указы по епархиальному управлению, которые были сведены в этом сборнике воедино. Устав был пересмотрен при переиздании в 1883 г., но принципиальных изменений в статус, состав и порядок деятельности духовной консистории новое издание не внесло. Согласно Уставу, духовная консистория – это присутственное место архиерея, который управляет епархией и вершит в ней духовный суд. Однако из ведения консисторий были изъяты дела по духовным школам (в 1808 г.) и епархиальным попечительствам о бедных духовного звания. Духовные консистории не были учреждены в епархиях Грузинского Экзархата, ввиду того что большая часть консисторских полномочий подлежала ведению Грузино-Имеретинской синодальной конторы, поэтому при правящих архиереях Экзархата вместо духовной консистории состояли епархиальные канцелярии. В Алеутской епархии функции духовной консистории исполняло духовное правление. В духовную консисторию входили присутствие и канцелярия. Присутствие в разное время состояло из разного числа лиц: по штатам, введённым в 1869 г., – из четырёх членов, но штатами предусматривалась при необходимости возможность введения дополнительно сверхштатных членов без жалованья. Штатным членам полагалось тогда жалованье в размере 500 руб. в год. Число членов духовной консистории зависело от территориальных размеров епархии, численности православного населения в ней, количества приходов и клириков и других обстоятельств. Члены духовной консистории непременно состояли в пресвитерском сане – протоиереев, священников, архимандритов, игуменов, иеромонахов, назначавшихся по представлению правящего архиерея Святейшим Синодом. В таком же порядке члены духовной консистории увольнялись. При назначении членов духовной консистории учитывались опыт административной деятельности, образовательный ценз (академическое образование было желательно, но не обязательно), религиозно-нравственные качества, а также место служения и жительства (предпочтительно в епархиальном городе или поблизости от него). Правящий архиерей устранял от присутствия в духовной консистории тех её членов, дела которых рассматривались в консистории, а также тех, которым при рассмотрении судебного дела по тем или иным мотивированным причинам подсудимые давали отвод, кроме того, члены духовной консистории отстранялись от участия в её заседаниях в случае их ответственности по тому или иному обвинению до принятия окончательного решения по делу.