Анализ палеонтологических материалов, собранных в Андах и Уругвае, в частности, останков вымерших гигантских ленивцев и некоторых ископаемых беспозвоночных, обнаруженных в меловых отложениях, окончательно убедили его в том, что эволюция действительно имела место. Представления об эволюции неоднократно высказывались и до него. Наиболее чётко они были сформулированы французским натуралистом и философом Жаном Батистом Ламарком, чей труд «Философия зоологии», содержащий в целостной форме представления автора об эволюции, вышел в свет в 1809 г., в год рождения Ч.Р. Дарвина. Поэтому основная заслуга Ч.Р. Дарвина состояла не в развитии им эволюционной концепции, а в том, что он впервые серьёзно задумался над главными факторами, которые движут эволюцией живых существ. Важное влияние на его мировоззрение оказали взгляды Томаса Мальтуса, сформулированные им в книге «Опыт о законе народонаселения». Ч.Р. Дарвин развил механистические, особенно в приложении к человеческому обществу, взгляды Т. Мальтуса на борьбу за существование и сформулировал свою теорию естественного отбора. Он выделял две формы борьбы за существование: внутривидовую и межвидовую. Более важную роль он отводил внутривидовой конкуренции и считал, что вид – это реально существующая целостность, и что именно вид, а не более высокие таксоны, является главной единицей, участвующей в эволюционных преобразованиях. В отличие от Т. Мальтуса Ч.Р. Дарвин очень осторожно писал о роли естественного отбора в истории современного человека – Homo Sapiens. Ч.Р. Дарвин не был «идеологом», т.е. человеком, подгоняющим свои заключения и выводы к постулатам одной идеи. Он постоянно размышлял об основополагающих эволюционных проблемах и модифицировал свою концепцию естественного отбора, исходя из новых данных и откликаясь на критику оппонентов. Естественно, с точки зрения современного состояния биологической науки, Ч.Р. Дарвин многого не знал. Так, например, он не мог объяснить, как фиксируются в поколениях фенотипические изменения, возникающие у отдельных особей, которые и играли, по его мнению, главную роль в качестве материала для естественного отбора. Поэтому он не мог ответить на критику Ф. Дженкинса, утверждавшего, что отдельные отклонения от нормы (в современной терминологии – мутации) при дальнейших многократных скрещиваниях будут разбавляться и исчезать в ряду поколений, как исчезает голубой цвет чернил при повторных растворениях. Ч.Р. Дарвин легко мог бы ответить на это возражение, если бы был знаком с трудами Грегора Иоганна Менделя, показавшего в своих исследованиях на душистом горошке, что контрастные наследуемые признаки не растворяются в потомстве, а, следуя строгим законам наследственности, снова и снова выщепляются (сегрегируют) в следующих поколениях в определённых пропорциях. Но работа никому не известного чешского монаха Г. Менделя, вышедшая в свет в 1865 г., не привлекла внимания Ч.Р. Дарвина, и в конце жизни он был склонен рассматривать одновременные благоприятные изменения, происходящие сразу в большой группе особей, как основной материал для действия естественного отбора. Более того, развивая эту вполне ламаркистскую концепцию, Ч.Р. Дарвин предложил «теорию пангенезиса», согласно которой с помощью гипотетических частиц «геммул» приобретённые за время жизни организма благоприятные свойства могут передаваться от органов тела половым клеткам.