Апостольская Церковь Христова, по мнению духоборов, – это собрание истинных христиан, в котором все таинства совершаются «духовно», в котором поклоняются образу Божию, внутри человека сияющему, а главой и учителем является Сам Христос. В основу учения духоборов положено истолкованное ими Евангелие, хотя они не признавали его главным источником веры, полагая, что животворит только живое, устное слово. В XVIII в. на собраниях духоборы читали Ветхий и Новый Завет, в которых искали скрытый духовный смысл. Окончательно в секте отказались от чтения и толкования Священного Писания в начале XIX в. По мнению исследователей, духоборческие «псалмы» содержат много явных противоречий и тёмных мест. Судя по одним «псалмам», Бог – существо не персонифицированное, разлитое по вселенной: Бог Отец – «высота», Сын – «широта», Святой Дух – «глубина». По другим «псалмам», Бог, охватывая весь мир, больше, чем этот мир, Он персонифицирован в непостижимом существе, едином в трёх Лицах. Воплощения Бога Сына не было. Мария родила Иисуса Назарянина, в плоть которого в возрасте 30 лет «вселился» «Бог Сын Христос». После смерти на кресте Иисуса, показавшего людям пример страдания за истину, «Христос – истинный Бог» вознёсся. Затем «Христос» опять явился и пребывал в роду праведных, в том числе среди духоборов, вселяясь по очереди в плоть духоборческих вождей, каждый из которых и был тем «живым Богом», о котором говорится в духоборческих «псалмах». Духоборы считали невозможным таинство евхаристии (претворение вина и хлеба в Плоть и Кровь Христа), т.к. принятая «Христом» плоть Иисуса сгнила на земле. Воскрешение плотью невозможно, возможно только воскрешение духом. На Страшном Суде «Христос» будет сидеть рядом с Богом Отцом и судить людей. По божеству «Христос» ниже Бога Отца. По учению духоборов, Бог сотворил человеческую душу по Своему образу и подобию: бессмертной, самовластной и разумной. Бог духовен и тройственен, поэтому Его образ в человеке тоже духовен и тройственен. Памятью человеческая душа уподобляется Богу Отцу, разумом – Сыну, а волей – Святому Духу. Духоборы считали, что до Страшного Суда душа человека пребывает на земле и может, совершенствуясь, переселяться в другую плоть. Каждый истинный духоборец мог воспринимать Божественное откровение, но мистическое соединение с «Христом» было возможно только для духоборческого вождя. Высшим критерием для оценки правильности восприятия Божественного откровения является разум. Подчёркивая, что их отцом является Господь Бог, духоборы отца по плоти называли по имени, а мать – няней. Каждая духоборка, рождая ребёнка (несущего в себе образ Божий), уподоблялась Марии, и в этом смысле она тоже «богородица»; поскольку женщина сохранила душевную чистоту, то она дева независимо от семейного положения и числа детей. Это представление нашло отражение не только в «псалмах», но и в отсутствии различий в костюме и причёске девушек и женщин. При приоритете духовного в учении духоборов нет противопоставления души телу. Тело взято от земли, оно бренно, и если потакать своим похотям, «пойти по плоти», то «угрязнит вас плоть ваша, как Адама и Еву». Вместе с тем тело человека – храм Божий, храм души; тело даёт возможность творить добрые дела, без которых вера мертва.