В 2004 г. на двенадцатой встрече в монастыре Дурэу (Румыния) был принят согласованный документ «Крещение и Миропомазание (конфирмация) как таинство вступления в Церковь». Третья фаза совпала с 25-летним юбилеем диалога и завершилась в 2006 г. на тринадцатом заседании Совместной богословской комиссии, проходившем в Братиславе (Словакия) по теме «Святая Евхаристия в жизни Церкви». Подписание согласованного документа по теме, заявленной в повестке встречи, было названо участниками диалога большим успехом. Однако Священный Синод РПЦ на заседании 26 декабря 2006 г. принял решение передать принятый согласованный документ «Святая Евхаристия в жизни Церкви» на изучение синодальной Богословской комиссии РПЦ. Первое Предсоборное всеправославное совещание приняло решение о создании Межправославной комиссии для участия в диалоге с Всемирным альянсом реформатских церквей. До начала диалога комиссия имела предварительные встречи в Стамбуле (1979 г.) и Женеве (1981, 1983 гг.). В 1986 г. была образована Смешанная богословская комиссия по православно-реформатскому диалогу. Первая официальная встреча комиссии состоялась в Лойенберге (1988 г., Швейцария), вторая – в Минске (1990 г.), третья – в Каппеле (1992 г., Швейцария). На всех встречах обсуждались вопросы, связанные с учением о Святой Троице как об основе Никео-Цареградского Символа веры и святителей Афанасия Великого, Василия Великого и Григория Богослова. Результатом дискуссий явилось согласованное заявление о Святой Троице, отразившее «доктринальный консенсус между Востоком и Западом, которого доселе не было». Четвёртая сессия комиссии, проходившая в Лимасоле (1994 г.), подготовила согласованное заявление по христологии; на пятой сессии, состоявшейся в Абердине (1996 г., Великобритания), и на шестой – в Закинтосе (1998 г., Греция) – обсуждалась тема «Тайна, природа, единство Церкви и членство в ней». Седьмая сессия в Питтсбурге (2000 г., США) была посвящена таинствам крещения, миропомазания (конфирмации), на восьмой в монастыре Брынковяну (Сымбэта-де-Сус; 2003 г., близ Сибиу, Румыния) обсуждали «Святость Церкви», на девятой в Ливане (2005 г.) – «Кафоличность и миссию Церкви». На рубеже III тыс. были подведены некоторые итоги диалога с инославием и выработаны принципы, по которым такой диалог должен проходить в будущем. На юбилейном Архиерейском соборе в 2000 г. был принят соответствующий документ под общим названием «Основные принципы отношения Русской Православной Церкви к инославию». В документе отмечено, что РПЦ, как истинная Церковь Христова, созданная Самим Господом и Спасителем нашим, строит взаимоотношения с инославием, учитывая необходимость, во-первых, свидетельства инославному миру православия и, во-вторых, восстановления богозаповедного единства христиан через возвращение инославных к вероучению, устроению и нормам духовной жизни истинной Церкви Христовой.