Томас Джеферсон отстаивал свободу совести на том основании, что «сущность религии состоит во внутреннем убеждении ума», поэтому принуждение к внешнему исполнению обряда неспособно привести человека к вере. Он считал, что «никто не должен пытаться изменить символ веры другого», выступал против миссионерства и распространения Библии за пределами США (письма к Р. Рашу от 31 мая 1813 г., к С. Гринхоу от 31 января 1814 г.), предлагал лишить День благодарения статуса государственного праздника ввиду его религиозного характера. С точки зрения Томаса Джеферсона, только если религиозные принципы выливаются в открытые действия, нарушающие мир и порядок, государственная власть обязана вмешаться. После принятия Конституции США и избрания первым президентом Вашингтона Томас Джеферсон был назначен на должность Государственного секретаря США (21 марта 1790 г. – 31 декабря 1793 г.). Он стал одним из инициаторов принятия Билля о правах – первых десяти поправок к Конституции (вступили в силу 15 декабря 1791 г.). Первая поправка запрещала конгрессу «издавать законы, устанавливающие какую-либо религию или запрещающие её свободное исповедание»; это положение Томас Джеферсон назвал «стеной разделения между церковью и государством» (письмо к Ассоциации баптистов города Данбери, штат Коннектикут, от 1 января 1802 г.), и это толкование утвердилось в американской юриспруденции. Как Государственный секретарь Томас Джеферсон внёс большой вклад в организацию Государственного департамента и дипломатической службы США. Но в правительстве Вашингтона ведущую роль играл Александр Гамильтон, министр финансов, лидер партии федералистов, стремившийся создать в США экономическую систему британского образца, с высокими налогами и приоритетом промышленности и финансов над сельским хозяйством. Томас Джеферсон возглавил оппозиционную республиканскую партию (современная Республиканская партия США была основана в 1854 г.) и покинул правительство. В 1796 г. на президентских выборах занял второе место по числу голосов и (в соответствии с действовавшей до 1804 г. конституционной нормой) стал вице-президентом США при президенте Джоне Адамсе (1797–1801 гг.). В 1800 г. республиканцы победили на выборах, но голоса разделились между несколькими кандидатами в президенты, и лишь голосование в палате представителей 17 февраля 1801 г. принесло победу Томасу Джеферсону. 4 марта того же года он вступил в должность президента, впервые в истории западной цивилизации был осуществлён мирный и легитимный переход власти от одной партии к другой. В 1804 г. был избран на второй срок; от выдвижения на третий срок отказался. За годы президентства сократил армию и государственный аппарат, свернув ряд амбициозных и дорогостоящих проектов А. Гамильтона, уменьшил государственный долг с 83 до 57 млн. долларов. Его величайшим успехом была покупка у Франции колонии Луизиана, территория которой удвоила территорию США. Стремился сохранить на службе наиболее компетентных федералистов. В его сознании присутствовало рационалистическое представление о том, какой была бы история, если бы люди жили, руководствуясь «разумом», а не «страстями». Но в отличие от настоящих радикалов якобинского типа считал недопустимыми практические действия, обусловленные революционными идеями.