В описании архимандрита Макария (Миролюбова) указываются размеры каменной Успенской церкви: «В длину 5 саж. 3 четверти аршина, в ширину 5 саж. 1 аршин с четвертью; алтарь длиною в 2 саж., а в приделе в 6 саж. с небольшим». У храма имелось два крыльца-паперти. В руинированном состоянии он пребывал с 1938 г. до 2007 г. В описях Дудина монастыря 1620–1670 гг. значится и другая тёплая деревянная (с 1672 г. – соборная) церковь во имя Николая Чудотворца с трапезной. На берегу Оки «под монастырём» стояла шатровая на подклете тёплая церковь во имя пророка Илии с приделом во имя Василия Московского (Блаженного). С 1672 г. и в течение первой половины XVIII в. на деревянных св. вратах Дудина монастыря находилась церковь в честь Сретения Владимирской иконы Божьей Матери. Начиная с архимандрита Макария (Миролюбова) в нижегородской краеведческой литературе сложилась неверная датировка постройки каменной колокольни Дудина монастыря – концом XVI в. В качестве доказательства архимандрит Макарий приводил текст надписи, высеченной на её восточной стене: «Лета 7101 (1593 г.) году достроена колокольня при игумене Евфимии». Однако исследователи, судя по описям XVII в., считают, что каменной колокольни в монастыре тогда ещё не было. С 1620 гг. «колокольница» с шестью колоколами и «часы боевые» находились над св. вратами. Каменная колокольня, по их мнению, была возведена вместе с Успенским собором в 1677 г., при игумене Евфимии II (а не Евфимии I). К 1764 г. на монастырском дворе стояли каменные архимандричьи кельи «под одну крышу» с кладовой, келарской, хлебопекарней, поварней и келейные постройки. Вне стен Дудина монастыря располагались различные службы, некоторые, преимущественно деревянные, по распоряжению Нижегородского архиерея в 1753 г., ещё до упразднения монастыря, были перенесены в Нижний Новгород, другие проданы или обветшали. В XVII в. ограда монастыря была деревянной, «в замет» и «в забор». Впоследствии построили каменную ограду толщиной 1,5 аршина, высотой 4 аршина, длиной 103 сажён. В XVIII в. для входа в Дудин монастырь возвели двое каменных ворот и деревянные св. врата. Монастырь управлялся строителями, игуменами, с середины XVIII в. – архимандритами. Игумен Евфимий I (с 1592/1593 г.) участвовал в 1596 г. в освидетельствовании мощей насельника нижегородского Печерского монастыря схимника Иоасафа. В 1610 г., уже будучи архимандритом Новоспасского московского монастыря, Евфимий вместе с Филаретом Никитичем и монахом Авраамием (Палицыным) был членом посольства к польскому королю Сигизмунду III. Настоятельствовавший с 1617 г. игумен Пафнутий 17 февраля 1620 г. был хиротонисан во епископа Тверского и Кашинского, игумен Палладий (Юрьев) 18 июня 1758 г. был хиротонисан во епископа Рязанского. В 1628 г. по доносу пребывавшего в Москве митрополита Веррийского Аверкия в Дудин монастырь были сосланы архимандрит Синадского митрополита Григорий и его двоюродный брат белец Косма. Вскоре за них заступился находившийся в столице Фессалоникийский митрополит Паисий (ум. в 1632 г.), и после расследования сосланные были возвращены. В 1638 г. указом царя Михаила Фёдоровича в Дудин монастырь были поселены монахи, бежавшие из-за гонений в Литовской земле.