В третьем томе «Трудов» (1907 г.) описал обнаруженные им грузинские списки Библии, вошедшие в научную историографию как «версии Джанашвили», и доказал, что эти переводы были осуществлены не позднее VI в. и в неизменном виде сохранили первоначальный текст грузинской Библии. Моисей Джанашвили полемизировал с Николаем Яковлевичем Марром, утверждавшим, что источником перевода Библии на грузинский язык служил армянский текст, а также с Дмитрием Захаровичем Бакрадзе, отмечавшим наличие в Урбнисском Четвероевангелии арменизмов. Моисею Джанашвили принадлежит труд «Грузинская литература до X в.» (1900 г.). В 1909 г. он описал и издал обнаруженное им в фондах Церковного музея «Житие Серапиона Зарзмели» – источник по истории Грузии IX–X вв. В сфере его внимания находились Великий Синаксарь Георгия Святогорца как источник по истории Грузии и соседних народов, «Хождение и проповеди апостола Андрея» в переводе Евфимия Святогорца (XIII в.). Исследуя Житие св. Нины, он разобрал издание Евфимия Семёновича Такаишвили Шатбердской редакции Жития (1900 г.), исправил и уточнил многие места текста; Мученичеству Евстафия Мцхетского посвятил очерк в сборнике «Грузинская литература» (1909 г.). Моисей Джанашвили занимался творчеством грузинского гимнографа Микаела Модрекили по рукописи, описав её в сочинении «Сокровище X в.» (1891 г.), грузинским текстом литургии апостола Иакова, проповедями Иоанна Болнисского, которые он собрал из разных рукописей и издал в 1911 г. Опубликовал такие памятники грузинской литературы, как Житие преподобных Иоанна и Евфимия Святогорцев с гимнами, Житие Илариона Грузина с гимнами, синодик Иверского монастыря на Афоне, Житие Георгия Святогорца с гимнами, «Абдул-Мессия» Иоанна Шавтели, «Алгузайны» Ивана Георгиевича Ялгузидзе. Из числа переводных памятников Моисей Джанашвили издал отдельные тексты из Шатбердского сборника (X в.), в частности, сочинения «Об очах» и «О мерах и весах» Епифания Кипрского, сочинение Георгия Писида (VI в.) «Осада Константинополя скифами, кой суть русские» (1912 г.); переведённые Георгием Святогорцем и собранные им в Великом Синаксаре сведения о распространении христианства среди народов, проживавших по соседству с Грузией; апокрифическое Житие Иоанна Богослова, переведённое Евфимием Святогорцем (X–XI вв.); два псевдоэпиграфических чтения св. Нины. Моисею Джанашвили были присвоены звания заслуженного профессора и Героя Труда. Похоронен в пантеоне на горе Мтацминда (Тбилиси), его именем названа улица в Тбилиси. Общее число трудов и сочинений Моисея Джанашвили достигает 1665, в том числе 71 труд издан в виде отдельных томов, около 300 не опубликованы.