Во второй половине XIX – начале XX вв. в епархии было основано несколько монашеских общин, преимущественно женских, со временем преобразованных в монастыри. В 1877 г. из общины был преобразован днепропетровский в честь Тихвинской иконы Божьей Матери женский монастырь, в 1886 г. статус монастыря получила основанная в 1873 г. в Новомосковском уезде Иосифовская женская община, при обители действовал общежительный скит. В 1897 г. в селе Ивановка на средства помещика М.И. Фадеева была устроена Трёхсвятительская Светловская женская община. В 1903 г. учреждена женская община в честь иконы Божьей Матери «Знамение», в 1906 г. преобразованная в монастырь иконы Божьей Матери «Знамения» женский монастырь в селе Вербовском. В 1885 г. помещик Р.Н. Вербовский в селе Кохановка Павлоградского уезда основал Самарский Свято-Троицкий мужской монастырь. В 1814 г. был учреждён таганрогский Иерусалимский во имя Святой Троицы, князя Александра Невского и Иоанна Златоуста греческий мужской монастырь, подворье Иерусалимской церкви (закрыт в 1923 г.). К 1902 г. в епархии действовали около 600 храмов, 337 церковноприходских попечительств, шесть монастырей, скит и община; клир епархии составляли 796 священников, 217 дьяконов, 669 псаломщиков. Для управления частью Екатеринославской епархии, располагавшейся на землях области Войска Донского, в 1911 г. было создано Таганрогское викариатство с кафедрой в Таганроге (с 7 сентября 1917 г. – Приазовское и Таганрогское викариатство). Одной из главных забот Екатеринославских архиереев с начала существования епархии было устройство духовных школ. В полтавском Крестовоздвиженском монастыре архиепископ Евгений (Булгарис) в 1776 г. устроил училище, в котором десять мальчиков обучались чтению и письму. Затем училище (задачей которого было «преподавание русского, латинского и греческого языков») переехало в дом в Полтаве, подаренный бывшим украинским гетманом Кириллом Григорьевичем Разумовским. В 1780 г. в училище, не имевшем статуса семинарии, были введены классы греческого, французского, немецкого языков, арифметики и рисования, в 1783 г. появился философский класс, в 1786 г. – богословский класс, после чего училище было преобразовано в семинарию. В 1797 г. духовная семинария вместе с епархиальным училищем переехала в Новомиргород, в 1804 г. – в Екатеринослав. Долгое время семинария не имела собственного помещения: здание для неё было построено только в 1874 г., домовый храм был посвящён архангелу Михаилу. Архиепископ Феофил (Татарский; 1823–1827 гг.) учредил при семинарии два духовных училища – уездное и приходское. В 1867 г. при духовной семинарии открылась воскресная школа. 28 августа 1883 г. начало работу епархиальное Кирилло-Мефодиевское братство для помощи нуждающимся воспитанникам духовной семинарии. 11 января 1889 г. в программу духовной семинарии введено преподавание иконописания. Распространению духовного просвещения в епархии активно способствовал архиепископ Гавриил (Розанов; 1828–1837 гг.). Он положил начало пономарским школам, учредил семинарию в Одессе, основал при одесском во имя архангела Михаила женском монастыре епархиальное женское училище, архиерей также построил в Одессе архиерейский дом с церковью и несколько новых храмов.