На страже привилегий стояло войсковое правительство, которое всячески противодействовало стремлению Воронежских архиереев установить свою власть в донских приходах. Епископ Иоаким (Струков), управлявший Воронежской епархией в 1730–1742 гг., докладывал Синоду, что казаки под страхом наказания запрещают священникам слушаться распоряжений архиерея и судят их по своим обычаям в кругу, что войсковой атаман Иловайский писал, чтобы архиерей не смел вмешиваться в духовные дела своих приходов, т.к. причты определяются после утверждения их казачьим кругом и старшинами. Епископ Феофилакт (Губанов) повторил запрет принимать в донские церкви священников и диаконов без ставленых, а вдовых иереев – без епитрахильных и охранных грамот. Тихон (Соколов) в 1765 г. уведомил Синод о том, что в трёх черкасских благочиниях 58 духовных лиц самовольно определены казачьим кругом, без его благословения, а также о том, что эти «беспорядки исправить нет никакой возможности». Позднее епископ Тихон указал Синоду на то, что на Дону казачьи церкви не ведут венечных записей, и что атаман Иловайский посадил в колодки протопопа черкасского войскового собора за то, что тот осмелился власть Воронежского архиерея поставить выше казачьего круга. Указом Синода от 4 июля 1785 г. было подтверждено сохранение для донских казаков выборности приходами кандидатов в священнослужители с условием, чтобы кандидатов избирали из «родовых казаков». Такие ставленники обычно не имели достаточных знаний о порядке богослужения, навыков в чтении, пении, произнесении поучений, однако архиерей был вынужден назначать их в приходы, поскольку войско одобрило выбор прихожан. В 1816 г. Воронежский епископ Епифаний (Канивецкий) писал, что он делает это «с душевным прискорбием и немалым отягощением совести». Духовенство казачьего происхождения не вошло в российское духовное сословие и не стало самостоятельной социальной группой, поскольку по войсковой традиции семьи священно- и церковнослужителей принадлежали к казачеству. В 1776 г. войсковая канцелярия установила следующие оклады духовенству: соборному протопопу – 20 руб. в год, другим соборным иереям – от 1 руб. 50 коп. до 10 руб.; соборным диаконам – 12 руб., приходским – от 5 до 6 руб.; соборным пономарям – 10 руб., приходским – 6 руб.; соборным звонарям – 6 руб.; приходским священникам – 3 руб.; просвирням – 5 руб. в год. На причты собора и четырёх храмов в Новочеркасске до 1835 г. отпускалось 238 руб. 50 коп. в год. Прихожане могли сами установить плату причту, от них же зависели и исполнение и расторжение соглашения с клириками. Так, жители станицы Елисаветовской в 1821 г. перестали платить духовенству, ссылаясь на уменьшение доходов. Закончилась неудачей попытка Воронежского епископа Арсения (Москвина) в начале XIX в. добиться наделения донского духовенства землёй. На Дону земля считалась собственностью войска и отчуждению не подлежала, прихожане в любое время могли наказать неугодного клирика, изменив предоставленный ему надел или вовсе отобрав его. Кроме того, существовало значительное отличие в имущественном положении духовенства из казаков и пришлого: первое пользовалось большими правами.