Столкнувшись с нежеланием войскового правительства подчиниться этим распоряжениям, Иностранная коллегия 21 декабря 1720 г. вновь послала на Дон указ с подтверждением права Воронежских епископов на духовное управление Донской области. В указе, в частности, записано: «В духовных делах войску Донскому быть у него, митрополита, в ведении, и попов, от него свидетельствованных и в их казачьи городки присылаемых, принимать, и без ведома от него, митрополита, оных собою от приходов не отлучать, из городов не высылать и от места к месту не переводить, и без его митрополичья ведения, без данных от него, митрополита, письменных свидетельств собою никаких попов и старцев отнюдь ни в какие города и места не принимать и не держать, чтобы между ними не было каких непосвящённых, от чего чинятся и могут быть расколы и всякие непостоянства». После кончины в сентябре 1723 г. Воронежского митрополита Пахомия (Шпаковского) донские казаки немедленно послали прошение Петру I о передаче их в ведение недавно образованного Святейшего Синода, в чём им было отказано 28 января 1724 г. через Военную коллегию по указу Петра I. В 1776 г. в указе об учреждении Екатеринославской епархии Синод ещё раз подтвердил принадлежность донских казаков в церковном отношении к Воронежской кафедре. Своим первым указом на Дон митрополит Пахомий в 1718 г. повелел во всех казачьих приходах, где имеются часовни, «прирубить к ним круглые алтари и трапезы» и таким образом увеличить число храмов (предположительно в это время здесь было около 130 часовен и церквей). Этим же указом запрещалось принимать и держать при церквах и часовнях бродячих и пришлых попов. Для организации церковного управления краем митрополит Пахомий разделил его на два заказа (духовных правления). В южной части был учреждён Черкасский заказ, в который входили станицы по Дону – от станицы Маноцкой до Перекопской, а также все казачьи станицы по Донцу с центром в Черкасске (современная станица Старочеркасская). В северной части был организован Хопёрский заказ, в состав которого входили станицы по Дону (от Перекопской до Казанской) и все станицы по берегам рек Медведица, Хопёр и Бузулук. Управление заказа находилось в Хопёрской крепости. Воронежский епископ Феофилакт (Губанов) в 1751 г. разделил Донскую часть епархии на три духовных правления: Черкасское, Усть-Медведицкое и Хопёрское. В 1764 г. на Дону насчитывались четыре каменные церкви (все – в Черкасске, в том числе построенный в 1706–1719 гг. Воскресенский собор, который являлся главным храмом Войска Донского до 1805 г., когда была заложена новая столица Донского края – Новочеркасск), и 103 деревянные. При епископе Тихоне (Якубовском) в 1769 г. из Черкасского правления было выделено Раздорское, ведавшее станицами Раздорской, Кочетовской и Золотовской, а также станицами по Донцу; около 1783 г. Раздорское правление было упразднено. Усть-Медведицкое правление около 1771 г. было переведено в Мигулинский монастырь и стало называться Мигулинским, к 1775 г. было упразднено. Таким образом, к концу XVIII в. на Дону осталось два духовных правления – Черкасское и Хопёрское. В октябре 1799 г. в земле Войска Донского числились 143 церкви. Донское войско обладало столь значительными привилегиями (в том числе в церковной сфере), что на его территории многие нормы епархиальной жизни были нарушены.