Против публикации выступили десять кардиналов, пять архиепископов и тридцать епископов. 11 сентября 1911 г. был издан циркуляр, запрещавший чтение этой книги в итальянских духовных семинариях, а 22 января 1912 г. она была внесена в «Индекс запрещённых книг». Л.М.О. Дюшен подчинился этому решению (во время коллоквиума в память Л.М.О. Дюшена, проходившего в 1973 г. в Риме, папа Павел VI (1963–1978 гг.) полностью реабилитировал его). Основные труды Л.М.О. Дюшена посвящены источниковедению и общей церковной истории. Мировую известность ему принесли исследование и критическое издание Liber Pontificalis. Изучив 110 рукописей, он предложил свою реконструкцию оригинального текста памятника, который, по его мнению, был составлен в VI в. в Галлии. Работа привлекла к себе внимание не только из-за актуальности темы папства, но и потому, что в это же время текст Liber Pontificalis безуспешно пытались издать несколько учёных в Германии. В 1898 г. Теодор Моммзен, который выступал за более позднюю датировку памятника (не раньше VII в.), сумел в серии MGH выпустить том, охватывающий период до 715 г., однако ему так и не удалось завершить издание. Спор между немецкими учёными и Л.М.О. Дюшеном обсуждался и в России (Михаилом Ивановичем Орловым и Василием Ваксильевичем Болотовым на магистерском коллоквиуме в 1899). Труд Л.М.О. Дюшена получил высокую оценку многих учёных (в том числе Адольфа фон Гарнака) и был принят в качестве нормативного (издание Л.М.О. Дюшена было дополнено и исправлено К. Фогелем в 1957 г.). Другой капитальный труд Л.М.О. Дюшена – «Списки епископов древней Галлии» (1894–1915 гг.) – посвящён вопросу о распространении христианства и истории епископских кафедр на территории современной Франции в эпоху поздней Античности. Работа построена на изучении огромного материала, сохранившегося в епископских списках (лат. fasti episcopales, как полагают исследователи, развившиеся из диптихов), у церковных историков, в легендах о происхождении той или иной провинциальной церкви, в местных хрониках и т.п. До настоящего времени это исследование, несмотря на критику отдельных положений, считается образцом применения научно-критического метода к церковным памятникам. Л.М.О. Дюшен занимался также календарными проблемами, в частности, вопросом об установлении даты празднования Пасхи на первом Вселенском соборе. Он связал решения Собора не с малоазийскими четыренадесятниками, а с сирийскими протопасхитами (позицию Л.М.О. Дюшена поддержали Й. Шмид, Э. Шварц, В.В. Болотов). С 1884 г. Л.М.О. Дюшен вместе с Дж.Б. Де Росси изучал Мартиролог Иеронима. В течение десяти лет они совместно подготовили и опубликовали в серии Acta Sanctorum критическое издание этого памятника, считающееся стандартным и в настоящее время.