В 1991 г. в Новозыбкове при Спасо-Преображенском кафедральном соборе открылось четырёхгодичное Высшее Духовное училище. В 1999 г. в церкви произошёл раскол ввиду несогласия части мирян с официальной (юридической) квалификацией вероучения церкви как идентичной вероучению РПЦ. В результате была образована и официально зарегистрирована новая религиозная организация – Древлеправославная церковь России (Курская епархия), во главе которой встал епископ Апполинарий (Дубинин), единолично рукоположённый в 2000 г. епископом Тульчинским Евмением (Титовым). В настоящее время епископ Евмений вернулся в лоно Древлеправославной церкви, а количество сторонников епископа Аполлинария существенно сократилось. Собор, состоявшийся 16–19 августа 2000 г., принял постановление о возвращении резиденции Предстоятеля Древлеправославной церкви в Москву. 3 марта 2002 г. на Соборе было решено восстановить патриаршество в Русской Древлеправославной церкви. Патриархом был избран предстоятель церкви, архиепископ Александр (Калинин), и на следующий же день состоялась его интронизация; с того момента кафедра патриарха и его резиденция пребывают в Москве. 15 августа 2010 г. к Русской Древлеправославной церкви присоединились (через миропомазание) два «иерарха» «Временного высшего церковного управления Российской Православной Церкви» (ВВЦУ РосПЦ) – «епископ» Дмитровский и Можайский Тихон (Гришин) и «епископ» Богородский Гедеон (Михайлов). Они были рукоположены́ Арсением (Киселёвым), отделившимся в 2007 г. от Синода Рафаила Мотовилова; ИПЦ(Р) и создавшим независимую юрисдикцию – ВВЦУ РосПЦ. После Божественной литургии в Покровском кафедральном соборе Москвы чиноприём по старообрядческой традиции, с отречением от ересей (в том числе, «никонианской» и экуменической) и исповедью совершил иерей Георгий Новиков. Патриарх Александр составил по поводу состоявшегося чиноприёма особый Акт, в котором оговаривается, что епископам Тихону и Гедеону пока не предоставляется права «совершения богослужений, церковных таинств и треб». Русская православная церковь (Московский патриархат) не признаёт патриаршего титулования предстоятеля Древлеправославной церкви, именуя его в официальных документах архиепископом. Официальный диалог Русской православной церкви с Русской Древлеправославной церковью начался в 2008 г. Состоялось три встречи переговорных групп. Четвёртое заседание было назначено на декабрь 2013 г., но не состоялось из-за неприбытия представителей Древлеправославной церкви. На состоявшемся 23-25 декабря 2014 г. в Москве Соборе Древлеправославной церкви было принято постановление, что «переговорный процесс с РПЦ МП в настоящее время утратил свою конструктивность и в сложившейся ситуации продолжение его представляется нецелесообразным». В настоящее время Древлеправославная церковь ведёт диалог с Русской православной старообрядческой церковью, сотрудничает с ней в области книгоиздания и считает необходимым обмениваться с ней богослужебным опытом. Церковь издаёт ежегодный «Настольный календарь» и другую литературу. Есть учебное заведение: Высшее Духовное училище в Новозыбкове. В церкви насчитывается до 80 приходов и два монастыря, есть пять епископов (в том числе одни на территории Румынии). Приходы Древлеправославной церкви располагаются, в основном, в Вожско-Уральском регионе (среди уральского казачества), в Москве и Московской области (город Гжель), на бывшей Ветковщине (Брянск – Гомель), в Забайкалье.