На страницах журнала постоянно велась полемика с «Домашней беседой» Виктора Ипатьевича Аскоченского. Подразделы «Современное обозрение», «Епархиальный листок» и «Летопись Христорождественского братства» вёл А.В. Гумилёвский под псевдонимом Летописец. Издание представляло объективный взгляд на быт духовенства в России в сравнении с положением священнослужителей в Западной Европе, критиковало систему отечественного духовного образования, Санкт-Петербургскую духовную семинарию и епархиальную консисторию. Из-за этого митрополиту Исидору постоянно посылались доносы на журнал. В журнале «Дух христианина» затрагивались вопросы благотворительности, деятельности приходских братств и церковных школ. Значительное место отводилось статьям по гомилетике (Иоанна Толмачёва, Нила Ивановича Соколова). В журнале была опубликована работа Херсонского архиепископа Иннокентия (Борисова) «О религии». Журнал «Дух христианина» заметно отличался от современной ему церковной прессы, в том числе по стилю – читатели в письмах просили «о возможном упрощении слововыражения и о неупотреблении в статьях иностранных слов». Редакция выпускала отдельные издания: «Христианство и прогресс» П.И. Шалфеева (СПб., 1861 г.), «Современный вопрос о папстве» Г.С. Полесского (СПб., 1861 г.; опубликовано анонимно), «Письма о путешествии нашей духовной миссии в Париж и об освящении Парижской церкви» В.П. Полисадова (СПб., 1861 г.), «Об участии паствы в делах церковных по правилам древней Церкви и о каноническом значении его» (СПб., 1861 г.), «О церковном богослужении: Письма к православным» И.С. Беллюстина (СПб., 1862 г. две части), «Пособие к изучению устава богослужения православной Церкви» К.Т. Никольского (СПб., 1862 г.) и др. Через редакцию распространялись и другие книги А.В. Гумилёвского и И.С. Беллюстина. В 1863–1864 гг. из-за чрезмерной загруженности А.В. Гумилёвского пастырскими обязанностями произошёл постепенный отход журнала «Дух христианина» от актуальных проблем епархиальной жизни, в журнале преимущественно стали публиковать научные труды, посвящённые критике материализма. Это привело к резкому падению числа подписчиков. С сентября по декабрь 1864 г. журнал не выходил, т.к. редакторы-издатели посчитали его слишком обременительным. С января 1865 г. журнал «Дух христианина» издавался совместно А.В. Гумилёвским и Иоанном Флёровым. Причины внезапного прекращения выхода журнала (последний выпуск – № 9 за 1865 г.) не были объяснены издателями.