Благодаря его ходатайствам в преддверии визита Патриарха Московского и всея Руси Алексия I, который в 1957 г. посетил Боснию и Герцеговину, власти разрешили ремонт церкви в Чайниче, известного места паломничества к чудотворной Чайничской иконе Божьей Матери. Преемник митрополита Нектария митрополит Владислав (Митрович; 1967–1992 гг.) освятил около 30 обновлённых церквей и шесть новых. В ходе военных действий 1991–1995 гг. в епархии были разрушены монастырь Возуча (XIV в.), 23 храма и 13 приходских домов, 13 церквей, три приходских дома, несколько кладбищ осквернены. В 1992 г. из-за обстрела частично сгорела резиденция православного митрополита в Сараеве, пострадали библиотека и архив. Одна из древнейших в епархии, Старая церковь во имя св. Архангелов, семь раз была обстреляна, но уничтожить её не смогли. После заключения Дейтонских соглашений в 1995 г. и разделения Боснии и Герцеговины на Республику Сербскую и мусульмано-хорватскую Федерацию Боснии и Герцеговины несколько церквей, входивших раньше в состав Дабро-Босанской епархии, оказались в мусульманских районах (Блажуй, Прача, Релево, Устиколина и др.), что привело к их запустению, частичному повреждению или разрушению. Несмотря на военные действия, митрополит Николай в 1994 г. добился открытия Духовной академии во имя св. Василия Острожского в одном из зданий женской тюрьмы близ Фочи. Здесь были размещены семинария Трёх святителей, изгнанная из монастыря Крка (Хорватия), и одноклассная семинария из Призрена (Косово). Первым ректором семинарии стал епископ Афанасий (Евтич), с 1998 г. – протоиерей Предраг Пузович. Первый выпуск состоялся в 1998 г. Сейчас в академии учатся около 300 студентов, действует библиотека с фондом около 30 тыс. изданий. Академия регулярно проводит церковно-научные конференции, в которых участвуют исследователи из разных стран. После возвращения семинарии Трёх святителей в монастырь Крка в Фочи открылась Духовная семинария во имя митрополита Петра Сараевского. Митрополит Николай обновил несколько церквей, пострадавших во время военных действий, построил несколько новых, учредил епархиальное издание «Дабар». В епархии действует Церковный музей (открыт при Старой церкви в Сараеве 13 мая 1890 г.), посвящённый мученице Фёкле (с 1975 г. – в новом здании). В музее сохранена богатая коллекция изобразительного искусства, рукописных и печатных книг (в том числе Сараевская Кормчая XIV в., Силуаново Евангелие XIV в.), церковных тканей и вышивки, предметов металлической и деревянной резьбы, богослужебной утвари, предметов вотивного характера, оружия и т.д.