При митрополите Петре (Зимониче; 1920–1941 гг.) было построено несколько церквей, в том числе Преображенский собор в Сараеве, который 8 сентября 1940 г. торжественно освятил патриарх Гавриил V (Дожич). Митрополит Пётр (Зимонич) рукоположил около сорока священнослужителей, основал фонд поддержки престарелых и больных священников. Действовали епархиальные детские дом и сад, просветительское братство св. Саввы. В 1935 г. Дабро-Босанская епархия делилась на шесть наместничеств (Сараевское, Гораждское, Плевлянское, Приепольское, Рогатицкое, Травникское), имела 81 церковь и часовню, 72 священника, пять монастырей, 11 монахов. Во время Второй мировой войны духовенство Дабро-Босанской епархии подверглось гонениям со стороны властей Независимого государства Хорватия. Митрополиту Петру советовали покинуть Сараево, но он отказался оставить паству. 12 мая 1941 г. он был арестован и помещён в концлагерь в Госпиче, дата его гибели остаётся неизвестной. Были убиты более 27 священников и три монаха. 10 августа 1941 г. вместе со священником Реле Спахичем были убиты 26 прихожан. Почти все храмы закрыли, многие разрушили. В здании Сараевской семинарии разместили тюрьму. В послевоенные годы административное управление епархией осуществлял епископ Зворникско-Тузланский Нектарий (Круль; 1947–1966 гг.). Власти не позволили возобновить занятия в семинарии, передав её здание техническому и экономическому факультетам Сараевского университета на условиях аренды на 20 лет, но в 1960 г. здание было национализировано. В 1970–1980 гг. Римско-католической церкви и Исламскому объединению верующих были возвращены несколько ранее им принадлежавших объектов в Сараеве. Но Дабро-Босанская епархия не получила ни одного. 16 мая 1977 г. Архиерейский Собор СПЦ объявил об обновлении семинарии в ранге Духовной академии и потребовал от властей возвращения бывшего здания семинарии либо предоставления другого. Но только в 1992 г. экономический факультет согласился передать часть помещений в здании бывшей Сараевской семинарии для нужд православной церкви, но из-за начала гражданской войны этого не произошло. В 1951 г. митрополит Нектарий был переведён на Дабро-Босанскую кафедру. Он пытался нормализовать церковную жизнь епархии в условиях атеистической пропаганды, восстановить разрушенные церкви и восполнить кадровый состав.