Согласно составленному митрополитом Сергием (Воскресенским) в октябре 1943 г. завещанию, после его гибели 23 апреля 1944 г. первым кандидатом на должность экзарха должен был стать Даниил. Исполняя волю покойного, 8 мая 1944 г. он издал указ о вступлении в должность временно управляющего Виленской и Литовской епархией с правами заместителя Патриаршего экзарха Прибалтики. Тогда же Даниил был возведён в сан архиепископа. Избрание заместителя экзарха вызвало недовольство оккупационных властей. В начале июля 1944 г. Даниил был задержан и перемещён в лагерь Фридрихсвальде, предназначенный для «служителей культа». Освобождён в мае 1945 г. американскими войсками. Отказался эмигрировать на Запад, проживал на территории Чехословакии, в октябре 1945 г. встретился в Праге с Орловским и Брянским архиепископом Фотием (Топиро), выразил желание восстановить общение с Московской патриархией. В конце 1945 г. вернулся в СССР. В январе 1946 г. (по другим данным, 30 декабря 1945 г.) назначен на Пинскую и Брестскую епархию. В связи с восстановлением в 1946 г. Брестской епархии стал носить титул архиепископа Пинского и Лунинецкого, с декабря 1948 г. – Пинского и Полесского. При Данииле в Пинске были открыты краткосрочные пастырские и псаломщицкие курсы. 24 марта 1950 г. арестован по обвинению в «антисоветской агитации» в военный и послевоенный периоды. Находился во внутренней тюрьме МВД Белорусской ССР, тюрьме №1 МГБ СССР. 2 декабря 1950 г. Особым совещанием при МГБ СССР приговорён к 25 годам заключения. Срок отбывал в Озёрном исправительно-трудовом лагере в Иркутской области. Освобождён в 1955 г. по амнистии, пребывал на покое в городе Измаиле с правом служения в городском соборе. Строгой аскетической жизнью, чуткостью и человеколюбием завоевал всеобщее уважение духовенства и мирян. 30 мая 1964 г., во время пребывания Патриарха Московского и всея Руси Алексия I в Одессе, Даниил был награждён правом ношения креста на клобуке; участвовал вместе с патриархом в наречении и хиротонии архимандрита Антония (Мельникова) во епископа Белгород-Днестровского в одесском в честь Успения Пресвятой Богородицы мужском монастыре. 15 октября 1964 г. определением Синода новым местожительством Даниила был определён Жировицкий в честь Успения Пресвятой Богородицы женский монастырь, однако в ноябре того же года он переехал в одесский во имя архангела Михаила женский монастырь в селе Александровка Одесской области, где и окончил свои дни. Отпевание совершил митрополит Иоанн (Кухтин), бывший Пражский. Даниил похоронен в Свято-Михайловом монастыре.