В обращении к камчатской пастве епископ Нестор, представляя нового архиерея, писал: «Едва ли нужно много говорить вам о строго пастырской и подвижнической жизни преосвященного Даниила. Вы все его хорошо знаете. Я же свидетельствую о нём, что он имеет великую ревность и заботу о вас (Кол. 4:13) и является к вам, как и прежде, пастырем добрым, служащим для всех правилом веры и учителем воздержания и благочестия». 25 октября 1922 г. Даниил прибыл в Петропавловск, где его радостно встречали верующие, в соборе был отслужен благодарственный молебен. В тот же день во Владивосток вступили войска красных партизан, вскоре они вошли и в Петропавловск. Даниил остался с камчатской паствой, взяв в отсутствие правящего архиерея на себя управление епархией. После установления на Камчатке советской власти сразу начались преследования духовенства, был арестован настоятель Петропавловского собора священник Михаил Ерохин. Даниил неоднократно обращался к местным властям с просьбой о его освобождении. В январе 1923 г. Даниил и его брат Павел были арестованы по обвинению в укрытии церковных ценностей. В августе того же года их отправили в распоряжение Владивостокского отдела ГПУ НКВД. Даниил содержался в тюрьме Владивостока, 23 декабря 1923 г. доставлен в Читу. 14 февраля 1924 г. освобождён под подписку о невыезде. Оказавшись единственным православным архиереем в Чите, выступил ревностным борцом с обновленчеством; налаживал связи с сохранившимися православными приходами, обличал еретическую сущность обновленчества. Усилиями в том числе и Даниила в ноябре того же года был возвращён православной общине захваченный раньше обновленцами Казанский кафедральный собор в Чите. 5 декабря 1925 г. Даниил был назначен патриархом Тихоном попечителем Читинской и Забайкальской епархии с сохранением титула епископа Охотского. Одним из его первых дел было создание противообновленческой миссии, назначение священников-миссионеров, которым были определены районы их деятельности. К июню 1925 г. в фактически восстановленной заново Читинской епархии Даниилу подчинялось уже до 50 приходов из 227, изначально бывших православными. В Забайкалье верующие ещё долго хранили память о Данииле как о молитвеннике, аскете, духовном, кротком пастыре и стойком борце за православие. 18 ноября 1926 г. Даниил был назначен управляющим Иркутской епархией. После прибытия в Иркутск организовал материальную поддержку отбывавшим ссылку в Прибайкалье священнослужителям, продолжал обличать обновленчество. Поскольку назначенный управляющим Читинской епархией Нижнеудинский епископ Евсевий (Рождественский) не сразу принял возложенные на него обязанности, Даниил, уступая просьбам читинского духовенства и мирян, 1 февраля 1927 г. согласился взять на себя управление и Читинской епархией. 18 апреля того же года был арестован в Иркутске по обвинению в том, что «принял на себя руководство нелегальным комитетом взаимопомощи, выступал с антисоветскими проповедями». 29 августа 1927 г. приговорён Коллегией ОГПУ к пяти годам исправительно-трудовых лагерей. Был отправлен на Соловецкие острова, затем заключение в концлагере было заменено ссылкой, которую Даниил отбывал в Коми (Зырян) автономной области, в Северном крае. Последним местом ссылки стало село Поле (ныне Онежский район Архангельской области). Поскольку храм в селе Поле был захвачен обновленцами, Даниил, несмотря на тяжёлую болезнь, ходил на богослужения в расположенный в семи верстах православный храм села Чекуева, за неимением подходящего для молитвы помещения молился в сооружённом им «ледяном доме», продолжал наставлять свою забайкальскую паству в письмах. Похоронен на кладбище села Поле.