В 1753 г. власти изгнали его с кафедры. Четыре года он жил в деревне Попина (современный Велика-Попина) области Лика и управлял епархией через архимандрита Никанора (Раевича). Когда он понял, что не сможет вернуться на кафедру, уехал в Россию, чтобы известить русского царя о тяжёлом положении сербов в Далмации и просить его помощи. В 1762 г. пытался вернуться в епархию, но власти выслали его в Россию. Далмация официально получила первого православного епископа, когда попала под власть французов. В сентябре 1808 г. по предложению генерал-проведитора В. Дандоло генерал-губернатор Огюст Мармон учредил православную епархию с центром в Шибенике. 26 марта 1810 г. император Наполеон утвердил избрание на кафедру епископа Венедикта (Кралевича). Тогда же к епархии были присоединены Бока-Которска, Пула и Перой. 8 ноября 1813 г., после передачи Далмации под власть Австрийской империи, епископ Венедикт перешёл в юрисдикцию Карловацкой митрополии. Но 6 апреля 1819 г. в Вене он лично передал властям прошение о введении в Далмации унии и просьбу направить в открытую им в Шибенике семинарию учителей-униатов. 25 апреля того же года в семинарию назначили трёх священников-униатов из Галиции: Алексия Ступницкого – ректором и преподавателем нравственного и пастырского богословия, Иакова Честинского – преподавателем церковной истории и церковного права, Иакова Чировского – преподавателем библеистики и догматического богословия. Перспектива введения унии вызвала недовольство у православного населения. Духовенство направило жалобы митрополиту Карловацкому Стефану (Стратимировичу), австрийским и российским властям. 10 июня 1821 г. в Шибенике произошло нападение на карету, в которой должен был находиться епископ Венедикт, но жертвой стал Алексий Ступницкий. После его похорон униаты покинули Шибеник, а епископ бежал в Задар, в 1823 г. он уехал в Италию, откуда до апреля 1828 г. пытался управлять епархией через священника Спиридона Алексиевича. 24 июня 1829 г. на кафедру был хиротонисан архимандрит Иосиф (Раячич; с 1842 г. – предстоятель Сербской церкви). В 1833 г. в Шибенике была возобновлена семинария. Австрийские власти предложили епископу изъять из церквей русские богослужебные книги и заменить их напечатанными в Вене или Пеште (современный Будапешт), но епископ Иосиф не ответил на это предложение, опасаясь, что новые книги не напечатают из-за высокой стоимости печати. Епископ Иосиф не дал никаких распоряжений священству по поводу требования властей вычеркнуть из церковных метрических книг имена людей, принявших унию. За невыполнение предписаний 5 июля 1833 г. он был переведён на Вршацкую кафедру. Из-за активного противостояния насаждению унии всего год занимал кафедру епископ Пантелеимон (Живкович), которого в 1836 г. перевели в Будимскую епархию. В 1841 г. кафедра епархии и семинария были перенесены из Шибеника в Задар. С октября 1843 г. Далматинской епархией управлял епископ Иерофей (Мутибарич). Он основал школьный фонд для девочек, пытался организовать духовную консисторию, но власти не позволили и в 1853 г. отстранили его от управления. В том же году на кафедру впервые был избран далматинец по происхождению Стефан (Княжевич).