Существует несколько авторских повторений изображений Амвросия в белой рясе, тёмной мантии и скуфье, возлежащего на постели с чётками в левой руке, в частности, портрет 1892 г. (Церковно-исторический музей Данилова монастыря в Москве), работа 1902 г. (Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии; автограф справа внизу: «Художникъ Данiилъ Болото(в) Оптина Пустынь 1902. 15 Июля»), портреты и этюд конца XIX – начала XX в. (Пюхтицкий монастырь, Оптина пустынь). Подобное изображение преподобного Амвросия вместе с духовной дочерью О.К. Гончаровой (1899 г., из имения Гончаровых Полотняный Завод) имеет, как полагают исследователи, заказной характер (подпись автора с датой – на корешке книги под подушкой). Даниил написал портреты схиигуменьи Софии (Астафьевой; 1888 г., частное собрание). Среди портретов преподобного Амвросия и других оптинских старцев конца XIX – начала XX в. без подписей художников (Музеи Московского Кремля, Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии, Оптина пустынь, частные собрания), возможно, имеются работы Даниила (например, портрет преподобного Нектария (Тихонова ?) на подушках, частное собрание). В описях коллекции музея «Оптина пустынь» 1920 гг. (Исторический музей Отдел письменных источников) значится около 20 портретов Калужских архиереев и оптинских старцев работы Даниила (местонахождение неизвестно). По словам художника, он работал над росписями храмов Оптиной пустыни и Шамординского монастыря, в частности, под его руководством выполнена стенопись больничной церкви Владимирской иконы Божьей Матери (не сохранилась). У исследователей существует предположение об исполнении им росписи в трапезной Оптиной пустыни (1880–1890 гг.). Даниилу приписывалось авторство иконы Божьей Матери «Спорительница хлебов» (в настоящее время высказано сомнение в обоснованности этой версии). Он основал иконописные мастерские с обучением по программе художественных училищ в Оптиной пустыни и в Шамординском монастыре (например, копировались картины Владимира Лукича Боровиковского), ввёл в обиход этих обителей фотографию (фотографии Даниила использовались в качестве иллюстраций оптинским издательством). В это время он продолжал работать над произведениями светского характера (портреты близких к Оптиной пустыни людей, детей, например, А.П. Воронцовой-Вельяминовой, 1905 г., частное собрание). Сохранились биографические записи, дневники (с размышлениями Даниила об искусстве), его переписка и рисунки из архива Оптиной пустыни (Российская государственная библиотека Отдел рукописей). Там же находится перечень сюжетов его картин, среди которых упоминаются «Похоронная процессия в ненастный осенний день», «Страшный Суд», «Распятие», «Спаситель, окружённый несчастными страдальцами», «Матерь всех скорбящих», «Блудный сын у ног отца своего», «Смерть праведника, окружённого ангелами», «Смерть грешника», «Мучения в аду», «Моления о чаше», «Иисус Христос в облаках, указывающий на небеса», «Человек один в своей комнатке занимается при свете лампы», «Иисус Христос, умывающий ноги апостолу Петру», «Мучающийся умирающий младенец». В частных собраниях хранятся иконы работы Даниила «Спас Нерукотворный» и «Божия Матерь» (с подписью художника) конца XIX – начала XX в. В Оптиной пустыни Даниил познакомился с религиозным писателем Сергеем Александровичем Нилусом, стал его другом. С.А. Нилус оставил воспоминания о художнике в книге «Великое в малом». Перед смертью Даниил хотел принять схиму, но преподобный старец игумен Варсонофий (Плиханков) не благословил его на это. Даниил похоронен в Оптиной пустыни напротив алтаря Введенского собора.