В 1992 г. Джвари были переданы строения близлежащего пионерского лагеря, в которых были устроены кельи. В 1995 г. группа молодёжи по меркам древнего пьедестала изготовила кипарисовый крест (высота 4 м, вес 400 кг) с изображением 13 евангельских сцен. Крест украшен серебряными пластинами и самоцветами, внутри в нише-ковчеге помещено небольшое распятие с частицей Животворящего Креста Господня. 20 апреля 1996 г. крест торжественным крестным ходом, возглавляемым Цагерским и Сванетским епископом Николаем (Пачуашвили), был перенесён из кафедрального патриаршего собора Тбилисский Сиони в Джвари, 21 апреля состоялось воздвижение креста на пьедестал. В 1996 г. в Джвари был основан мужской монастырь, где на данный момент подвизаются 18 монахов и послушников; настоятель – игумен Константин (Чинчараули). Комплекс Джвари стоит на вершине отвесной скалы, виден со всех сторон. Эффект слияния с ландшафтом усиливают желтоватый, красно-коричневый и розоватый оттенки тёсаных квадров песчаника, из которых построены храмы. Малый храм Джвари имел крестообразное центральное пространство, вписанное в прямоугольник внешних стен. Центральный квадрат храма был перекрыт крестовым сводом, над храмом возвышалась двускатная кровля. Характерными чертами были притворы северного и южного входов со спаренными 3/4-ными колоннами (сохранились на южной стороне), капители которых богато украшены резьбой. В алтаре находится фрагмент престола. В западной стене была устроена ниша для трона настоятеля монастыря с изображением процветшего креста. Под сооружением была расположена крипта. Храм основательно перестроен, в VII в. южный портик стал частью ведущего в большой храм перехода, в VIII–IX вв. северный портик был превращён в придел. Конха алтаря церкви была украшена мозаикой, в которой использовали золотистую смальту и покрашенные в различные цвета камни; оставшиеся фрагменты не позволяют исследователям судить о сюжете, сохранявшиеся до 1940 гг. остатки дают основание предположить, что мозаикой была украшена только конха алтаря (фактура поверхностей камней конхи была специально обработана для укрепления грунта мозаики). Необходимость создания особого архитектурного пространства храма была обусловлена его назначением быть своеобразным ковчегом над чудотворным крестом. Храм относится к характерной для стран христианского Кавказа разновидности тетраконха, к так называемому вписанному тетраконху, который является результатом архитектурных исканий в V–VI вв. Ранние образцы тетраконха – церковь Святого Креста в Манглиси (V в.), храм в Гавази (VI в.) – следуют простому плану с крестообразно расположенными экседрами и куполом, опирающимся на квадрат, образовавшийся стенами рукавов креста.