5 ноября в ходе голосования членов Священного Синода Дамаскин получил 31 голос, Хрисанф – 30. Несмотря на результаты голосования и протесты со стороны членов Священного Синода, по указанию правительства «малый синод» на своём заседании 3 декабря 1938 г. провозгласил Хрисанфа Афинским архиепископом. Это привело к расколу: 32 митрополита отказались признавать Хрисанфа, указывая на нарушения и подтасовки в ходе голосования. Дамаскин был выслан в монастырь Пресвятой Богородицы Фанеромени на остров Саламин, затем переведён в Мегару. С падением правительства И. Метаксаса и началом немецкой оккупации Греции в июне 1941 г. архиепископ Хрисанф, отказавшийся сотрудничать с прогерманским коллаборационистским правительством Георгиоса Цолакоглу, был низложен. 5 июля 1941 г. Архиерейский собор Элладской церкви объявил выборы Хрисанфа недействительными, его предстоятельство незаконным и официально возвёл на архиепископский престол Дамаскина. Весь период оккупации Греции Дамаскин был духовным лидером православного греческого населения, не раз вступая в конфронтацию с оккупационными властями. В 1943 г. немецкие власти начали преследование еврейского населения Греции и высылку его в концентрационные лагеря. Дамаскин официально выступил против действий властей, указав, что расовая теория противоречит учению православной церкви и традициям греческого народа. Он дал православному духовенству негласное распоряжение снабжать евреев свидетельствами о крещении и укрывать преследуемых. В ответ на угрозу расстрела со стороны одного из высших чинов гестапо Дамаскин, имея в виду пример мученической кончины Константинопольского патриарха Григория V (1797–1798, 1806–1808, 1818–1821 гг.), произнес: «Греческих религиозных лидеров не расстреливают, их вешают. Я прошу уважать эту традицию». После отступления оккупационных войск из Греции Дамаскин возглавил национальное правительство и стал регентом страны. В это же время в Греции начались столкновения между сторонниками монархии и коммунистами, которые перешли в полномасштабную гражданскую войну. Дамаскин, призывавший противоборствующие стороны к миру, оставался на своём посту до возвращения в страну короля Греции. Королевским указом 28 сентября 1946 г. был смещён с поста временного главы правительства; предстоятелем Элладской церкви Дамаскин оставался до своей кончины.