Отвергая высказанную И.В. Сталиным теорию об окончательном формировании грузинской нации в 1860 гг. и опираясь на основные компоненты, формирующие нацию (территория, язык, культура, национальное самосознание), С.Н. Джанашиа считал, что этот процесс происходил в эпоху раннего Средневековья, о чём сообщил в докладе на общем собрании Академии Наук Грузинской ССР 23 декабря 1944 г. («Об образовании грузинской нации». 1977 г.). Особое внимание С.Н. Джанашиа уделял изучению истории царского рода Багратиони и юго-западной провинции Грузии Тао-Кларджети (ныне территория Турции), совместно с Н.А. Бердзенишвили опубликовал ряд статей о правах Грузии на эти территории. С.Н. Джанашиа определил принципы освещения истории народов Кавказа в учебниках и общих курсах истории народов СССР, исправил ряд ошибок, внёс значительный вклад в изучение грузинского и северокавказких языков: был председателем государственной комиссии по установлению норм грузинского литературного языка, организовывал свано-адыгские (черкесские) языковые встречи. С 1941 г. руководил археологическими работами в Мцхете. Обнаруженный материал подтвердил ряд высказанных им ранее предположений о развитии грузинской государственности. В докладах С.Н. Джанашиа, опубликованных в шестом томе его «Трудов» (1988 г.), подведены итоги археологических изысканий. Ряд работ С.Н. Джанашиа посвящён вопросам источниковедения, исторической географии, взаимоотношениям Грузии с Византией и Арабским халифатом. В вопросе распространения христианства в Грузии он уделял особое внимание внутренним, внешнеполитическим и социальным процессам, роли царской власти. С.Н. Джанашиа писал о значении христианства в единении грузин в борьбе против иноземных завоевателей, о вопросах армяно-грузинского раскола, о проповеднической деятельности в горных регионах. Утверждение царём Вахтангом Горгасали (вторая половина V в.) главой церкви католикоса-диофизита С.Н. Джанашиа рассматривал как акт расширения самостоятельности Грузинской церкви и открытого противостояния монофизитству, которое он называл «персидским христианством». С.Н. Джанашиа был редактором периодических изданий. В 1949–1988 гг. в шести томах вышли его «Труды», готовится к изданию архив С.Н. Джанашиа. Его именем назван Государственный музей Грузии.