Тем не менее, в первые 19 лет правления Диоклетиана христианское вероисповедание нисколько не мешало его окружению делать государственную карьеру, причём христиане находились в свите самого императора (св. Пётр Римский). Кроме того, в эти времена  в Римской империи наряду с христианством процветал и культ Митры (Солнца), имевший персидские корни, напрямую конкурировавший с христианством, из которого оно, тем не менее, позаимствовало много своих ритуалов и символов. Уже тогда митраизм фактически начал проникать во все сферы Римской империи, и этот культ поддерживало большинство. Митре поклонялись, в частности, и легионеры, т.к. он являлся их покровителем и символом воинской доблести и бессмертия. После Диоклетиана митраизм при Константине I Великом станет фактически государственной религией римлян и будет процветать до V в. Диоклетиан в своё время возродил жёсткий культ почитания римских богов греческого происхождения и всячески ассоциировал себя с Юпитером, сконцентрировав в своих руках всю политическую и военную власть в империи и повелевал поклоняться себе как богу. Поэтому его старая традиционная религия, поддерживающая его божественный статус, вошла в противоречие с этими новыми необычными динамично развивающимися религиями, и Диоклетиан, наконец, уступил Галериану, фактически приняв сторону митраизма, провозгласив Митру «покровителем империи» и стал, в конечном счёте, символом великих христианских гонений. В итоге христиане массово, как это могло быть, не пострадали. Всего за эти «тёмные годы» было убито около 3,5 тыс. христианских последователей, в том числе известные Георгий Победоносец, Параскева Пятница и др. Часто христиан местные власти провоцировали, заставляя проявлять непримиримость к власти, однозначным итогом которой является в этом случае смертная казнь, и как следствие – мученичество. Некоторые историки даже считают, что император, в конечном счёте, способствовал появлению значительного количества христианских великомучеников. Диоклетиан документально не фигурирует в качестве конкретного гонителя, однако именно его имя и личность явились теми самыми символами, с которыми ассоциируются подобные гонения на христианство, что часто проявляется в литературных догматических историях о христианских мучениках. В подобных источниках, например, о Георгии Победоносце, это проявляется наиболее сильно. Там Диоклетиан оказывается непосредственно участвующим в сюжете с Георгием, пытается его спасти от смертоносного карающего римского государственного механизма и выступает в роли, близкой к роли Пилата, ведя свой диалог с будущим мучеником. По некоторым источникам, Георгий всё же мог проходить службу в ближайшем окружении Диоклетиана, занимая значительный пост и, возможно, пользовался его покровительством. Не исключено, что подобный диалог мог иметь место, однако никаких документальных подтверждений прямого участия Диоклетиана в судьбе Георгия (а также и его жены – св. Александры Римской, защищавшей Георгия) нигде не зафиксировано.