Однако разум у него выступает не только в качестве инструмента согласования ощущений, но и как врождённая идея, и в этом качестве он постигает бытие как целое, которое то ли тождественно материи, то ли определяется материей как своим основанием. Он считал, что чувствам доступны лишь составляющие это «целое» части, а охватить безусловное знание о нём может лишь разум. В этой связи «Бог» понимается им как единство разума и постигаемого им универсального бытия. В результате позиция Леже Мари Дешана в метафизике оказывается близкой пантеизму Бенедикта Спинозы. К христианству своего времени  он относился резко критически (несмотря на то, что провёл жизнь в бенедиктинском монастыре), прямо отрицал христианский креационизм и учение о бестелесности и бессмертии души, о загробном мире и воздаянии. В духе своего времени Леже Мари Дешан утверждал, что представления о богах создаются людьми, поэтому они всегда оказываются копией человеческих добродетелей. При этом Леже Мари Дешан отвергал не только антропоморфные построения «позитивного» христианства, но и деистическую естественную религию, путь к которой прокладывает разум. Однако в отличие от большинства просветителей, которые обрушивались с критикой на религию и в то же время считали основой общественной жизни частную собственность, он утверждал, что частная собственность всегда будет возрождать и религиозные представления, поскольку только таким путём можно предотвращать распространение в обществе пороков и постоянно грозящий ему бунт. Тем не менее, в религии также имеются, по Леже Мари Дешану, элементы истины. Атеизм в современном ему обществе он склонен был рассматривать как достояние узкого круга лиц. Лишь в совершенном обществе будущего, которое наступит в результате распространения открытого им «истинного учения» (его социальную значимость Леже-Мари Дешан склонен был преувеличивать), атеизм будет способен стать всеобщим достоянием. В истории человеческого общества он выделял три стадии («состояния»): естественное (дикость, при которой отсутствует частная собственность), гражданское (при котором частная собственность существует и является основным злом), и будущий квазикоммунистический «строй нравственности» (в котором частная собственность прекратит своё существование, уступив место социальному равенству и общему благополучию).