Порядок управления приходским духовенством при помощи светских чиновников часто вызывал недовольство, отразившееся, в частности, в сочинении ростовского священника Георгия Скрипицы, автора «Написания о вдовых попах», обращённом к участникам Собора 1503 г. В вопросах царя Ивана IV Васильевича (1530–1584 гг.) к участникам Стоглавого собора 1551 г. было отмечено, что десятильники, как и светские кормленщики, использовали свою судебную деятельность для незаконного обогащения, возбуждая искусственно против приходских священников судебные дела при помощи «ябедников». Из-за подобных злоупотреблений многие приходские храмы лишились священников. Стоглавый собор провёл ряд серьёзных преобразований, направленных на реформирование системы церковного управления, а также института десятильников. Их функции были серьёзно ограничены. Так, сбор дани и других церковных пошлин в пользу архиерея был передан поповским старостам – выборным представителям приходского духовенства. Свою роль судей первой инстанции над «церковными людьми» по гражданским делам десятильники сохранили, но теперь в суде вместе с ними должны были участвовать поповские старосты и другие представители приходского духовенства, а также земские старосты, «кому прикажет» царь. В случае каких-либо правонарушений со стороны десятильников они имели право жаловаться на него архиерею и даже царю. Если жалоба была справедливой, им угрожала опала и потеря десятины. Однако, несмотря на стремление Стоглавого собора оставить за десятильниками одни судебные функции, они ещё долго продолжали пользоваться всеми своими прежними правами. Исследователям неясно, в какой мере решения Собора 1551 г. были проведены в жизнь. Документы конца XVI – первой половины XVII в. содержат неоднократные упоминания о насилиях и злоупотреблениях десятильников по отношению к приходскому духовенству. Источники первой половины XVII в. различают «сиделых» десятильников, которые осуществляли постоянное управление определённым «десятинным» округом, и десятильников, посылавшихся для единовременного сбора церковных податей. На Русском Севере, о котором сохранилось наибольшее количество данных, посылка «сиделых» десятильников стала к этому времени явлением редким. В роли судей первой инстанции и сборщиков церковной дани в этот период начинают постоянно выступать поповские старосты, а в ряде случаев – настоятели крупных монастырей. Сохранившиеся немногочисленные свидетельства о деятельности «сиделых» десятильников этого времени показывают, что от них требовали вершить суд в присутствии поповских старост, а те должны были предоставлять сообщения о деятельности десятильников. Назначение на «десятину» (обычно на годовой срок) в этот период являлось по преимуществу вознаграждением за службу для приказных людей архиерейского дома.