1971 глава Декреталий Григория IX распределена по пяти книгам и 185 титулам; внутри титулов главы следуют в хронологическом порядке. Составитель устранил повторы и противоречия в тексте посланий, сократил не представлявшие интереса с юридической точки зрения части текста (partes decisae). Он также подверг ревизии материал предыдущих сводов: ввёл пять новых титулов (четыре из них заимствовано из сводов римского права), перенёс более сотни декреталий в другие титулы, тем самым поменяв их интерпретацию, путём сокращений и вставок текста изменил смысл глав, фактически превратив значительную часть декреталий в constitutiones с абстрактно сформулированными правовыми нормами. Однако работа по систематизации материала не была доведена до конца: уже в XIII в. канонисты отмечали не устраненное Раймундом Пеньяфортским дублирование, некоторые противоречия и не всегда оправданное распределение глав по титулам. С XVIII в. в ходе критического изучения текста Декреталий Григория IX предметом специальных исследований (преимущественно протестантских учёных – Й.К.В. Штека, А. Тайнера, Э. Фридберга) стали методы работы Раймунда Пеньяфортского, неточности, допущенные им, а также накопившиеся за последующие столетия. Книги 2 (judicium) и 4 (sponsalia, или connubium, matrimonium) тематически наиболее однородны и содержат послания, посвящённые соответственно процессуальному праву (в первую очередь, апелляционному судопроизводству; титул 28 «De appellationibus» – самый обширный, состоит из 73 глав) и нормам, регулирующим заключение брака. Три другие книги содержат более разнородный материал. В первой книге (judex) собраны главы, излагающие положения об источниках права, нормах, регулирующих церковные выборы, замещение и функционирование церковных должностей, деятельность церковных судей и судейских должностных лиц низшего ранга, включая представителей сторон (прокураторов, синдиков), третейских судей, заключение договоров (титул 35 «De pactis», титул 36 «De transactionibus»). Каноны третьей книги (clericus) посвящены правам лиц и особенно нормам, регулирующим распоряжение церковными бенефициями, наследственному праву, клятвам, орденскому праву, сакраментальному праву. В книге 5 (crimen) содержатся нормы уголовного и уголовно-процессуального права, в том числе касающиеся церковных санкций (в первую очередь, отлучения; соответствующий титул содержит 60 глав). По аналогии с Дигестами Юстиниана свод Декреталий Григория IX завершают титулы «De verborum significatione» («О значении слов») и «De regulis juris» («О правилах права»), в которых содержится толкование терминов права и кратко сформулированы абстрактные принципы права.