Даниил продолжал молиться за спасение Евлогия. Вскоре тот впал в немилость, лишился всего богатства (возможно, он был причастен к восстанию «Ника») и возвратился в свой город. Евлогий не решился рассказать правду о себе и говорил всем, что был в паломничестве в святые места. Он вернулся к своему прежнему обычаю, стал принимать нищих и бродяг. Спустя несколько лет Даниил рассказал ему, что именно он стал причиной его внезапного и недолгого богатства. С циклом рассказов о Данииле связаны одни из первых историй о юродивых. Рассказ о Марке, который притворялся сумасшедшим, иногда рассматривается как самостоятельное «Житие». Кроме того, в одном из эпизодов «Жития аввы Даниила» содержится известная и характерная история о «тайных слугах Господа». Игумения женского монастыря, где Даниил вместе с учениками остановился на ночлег, пожаловалась ему на вечно пьяную монахиню, лежащую в беспамятстве посреди обители. Ночью Даниил увидел, что эта монахиня ревностно молилась, но, завидев кого-нибудь из сестёр, снова притворялась пьяной. Тайна была раскрыта, и настоятельница покаялась во всех обидах, которые нанесла ей по незнанию. Монахиня ушла, никого не предупредив и оставив надпись на воротах монастыря с просьбой молиться за неё. Этот рассказ подтверждает авторитет Скитского монастыря и лично Даниила: в тексте особенно подчёркивается, что в женский монастырь могли пустить только монахов из Скита (по рекомендации Даниила монаха могли принять в любой монастырь). Ювелир Андроник и его жена Афанасия после смерти детей решили уйти в монастырь и в течение нескольких лет ничего не знали друг о друге. Через некоторое время они случайно встретились на пути в святые места, но не узнали друг друга, поскольку монашеская жизнь изменила их облик. Афанасия в мужской одежде выдала себя за монаха Афанасия. Следующие 12 лет жизни они провели в молчании в одной келье в находившемся неподалёку от Скита монастыре Октокайдекатон (дословно – Восемнадцатый, т.е. располагавшийся на 18-й миле от Александрии), где поселились с разрешения Даниила и подвизались под его духовным руководством. Однако после смерти Андроника и Афанасии Даниил спорил с монастырём по вопросу о том, где должны находиться мощи святых, и был вынужден уступить. Даниил скончался в г. Тамбок в Нижнем Египте, куда удалился после набега на Скит арабов-бедуинов (т.е. после 576 г.) и где основал новый монастырь.