Вскоре в монастыре была построена в камне также церковь в честь Похвалы Пресвятой Богородицы с трапезной. 3 ноября 1532 г. в Богоявленской церкви на Троицком подворье в Москве Даниил вместе с игуменом Троице-Сергиева монастыря Иоасафом (Скрипицыным) крестил второго сына Василия III – Георгия (Юрия). Близость к семье правителя никак не сказалась на образе жизни Даниила, для которого было характерно «в молитвах протяженное простирание и безгневное любомудрие, смиренное же кротостное любоприятие и в трудех преизящное трудолюбие». Даниил учил иноков прилежанию в молитве, как церковной, так и келейной, заповедал строгое безмолвие после вечернего правила. Игумен трудился на всех монастырских послушаниях – чистил конюшню, участвовал в постройке монастырской ограды и братских келий, возделывал огород. По его благословению Троицкий монастырь принимал и кормил нищих, голодающих и недужных людей. Отправляясь куда-либо по делам (известно о его неоднократных посещениях Москвы и Углича), святой всегда шёл, даже если сопровождавшие его иноки ехали на телеге. Путешествуя в 1533 г. в Новгород к митрополиту Макарию, имевшему духовную любовь к преподобному, за иконами для новопоставленной церкви, Даниил подвергся нападению разбойников близ г. Кашина, был ограблен, но впоследствии, во время суда, простил нападавших и отказался от требования возмещения ущерба. Преподобный при жизни прославился чудотворением: по его молитве от тяжкого искушения были избавлены два инока, исцелился оборонявший Смоленск воевода боярин Иван Семёнович Воронцов, спасся от разбойников священник «великия церкви... града Переяславля» (по-видимому, автор Жития и «Сказания вкратце...» протоиерей Андрей). В октябре 1539 г. Даниил стал инициатором обретения мощей и канонизации смоленского  князя Андрея Переяславского (ум. около 1390 г.), после изгнания из своего города жившего в Переславле и похороненного у церкви святителя Николая Чудотворца. Учениками Даниила были уроженцы Переславля-Залесского настоятель Спасо-Преображенского собора Андрей (будущий митрополит Московский и всея Руси Афанасий), основатель нескольких монастырей на Смоленской земле преподобный Герасим Болдинский (возможно, в игуменство Даниила он был казначеем обители – казначей Герасим упоминается в актах Данилова монастыря 1525 – 1526/1527 гг.), а также иноки Троицкого монастыря, известные подвижнической жизнью: Нил (или Даниил), «родом немьчин», Марк, Мисаил (Устинов), Феодосий Скудобрадатый. Перед смертью Даниил просил Иоанна IV назначить новым настоятелем монастыря (уже в сане архимандрита) своего постриженика и ученика старца Илариона. Царь удовлетворил просьбу игумена, выдав Данилову монастырю 17 июня 1539 г. жалованную грамоту. Незадолго до кончины святой сделал попытку тайно уйти в место своего пострижения – Пафнутиев монастырь, но его умолили остаться в Переславле. Приняв великую схиму, Даниил скончался в возрасте более 80 лет (по свидетельству «Сказания вкратце...») в основанном им монастыре, перед смертью он имел видение трёх «чудных иноков», которые некогда посетили его в Горицком монастыре. Его смерть пришлась на время частичного солнечного затмения: «...Солнцу гиблющу и оставшу, яко нову тридневну месяцу».