Во второй половине XI в. на Грузию начались набеги турок-сельджуков, от которых пострадала и лавра святого Давида. Постройка сооружений на территории комплекса прекратилась. Пика развития комплекс достиг в XII в., когда появились монастыри Удабно, Бертубани и Чичхитури, а лавра святого Давида расширялась и благоустраивалась. В XII в. при главе комплекса Онуфрии (Гареджели) монастырь стал одним из крупнейших культурно-просветительских центров Грузии. В это время в Лавре жил обличитель царей св. Пимен юродивый. Однако с середины XIII в. Грузия оказалась под монгольским игом. Монголы разграбили и повредили Давидо-Гареджийский монастырь. Некоторые монахи тогда бежали в другие монастыри. В XIV в., несмотря на спад монастырской деятельности, духовенство лавры пользовалось большим влиянием; одной из привилегий являлось служение при царском дворе литургии в начале года. В XIV–XV вв. на территории Грузии появился Тамерлан, и в лавре монастырская жизнь угасла. В начале XV в. царь Александр I передал монастыри Гараджи католикосу Картлинскому. В конце XVI в. усилиями царя Кахетии Александра II были построены несколько сторожевых и жилых башен. В 1615 г. за одну ночь войска персидского шаха Аббаса I разорили монастырь и убили монахов, которые поддерживали деятельность монастыря и восстанавливали его. Монастырская жизнь в Гарежди вновь пришла в упадок (по преданию, шах Аббас истребил в Гареджи 6 тыс. иноков). Возрождение святыни началось лишь в XVII в. при царе Теймуразе II. К концу XVII в. настоятелем обители был поставлен Онуфрий (Мачутадзе). Его усилиями духовная жизнь возобновилась. Монастырю были возвращены прежние владения, и построена стена, которая оберегала святыню от вражеских нападений. Лавра святого Давида стала центром духовной жизни Грузии. Здесь жили известный духовный деятель св. Иоанн Манглийский, католикос Карталинский Виссарион (Бараташвили Орбелишвили), Антон I (Багратиони) и др. В этот же период создаётся мощная литературная школа Гареджи, к которой принадлежали составитель описания мученичества св. царицы Кетеван Григорий Додоркийский, учёный Саба, бывший Сулхан (Орбелиани) и др. В течение XVIII–XIX вв. обители Гареджи неоднократно подвергались набегам лезгинов (в том числе и лавра святого Давида). В 1811 г., после разрушений лавра была восстановлена архимандритом Илларионом. Тем не менее, в XIX в., когда во многих грузинских городах появлялись духовные школы, интерес к монастырю спал; он постепенно опустел, и лишь в Натлисмцемели проживало несколько монахов. В начале XX в. (в 1920 г.) монастырская жизнь окончательно прекратилась (в 1928 г. на территории лавры располагалась Красная конница, а в 1970 г. здесь был размещён артиллерийский полигон).