В последние годы жизни он уделял особое внимание необходимости противостояния распространявшимся в обществе неверию и безнравственности. В статье «О современном религиозно-нравственном состоянии русского общества» и в других публикациях того периода он выступал за улучшение качества проповеди и духовного образования, писал о необходимости глубокого изучения Священного Писания, Закона Божия и богослужения, а из светских дисциплин – философии и психологии. Дьяченко ратовал за устройство народных библиотек и издание религиозно-нравственной литературы, считал необходимым создание во всех приходах духовно-просветительских союзов, восстановление практики проповеди светских миссионеров – мужчин и женщин. Незадолго до смерти выступил с большой статьёй «Насущная потребность нашего времени: Мысли об издании ежедневной духовной газеты, как вопиющей потребности наших дней», посвящённой проблеме возрождения русского общества. Рассматривая современную ему прессу и художественную литературу (в первую очередь, французскую), Дьяченко указывал, что торжество материализма привело к культивированию в печати различных пороков и преступлений, учений, противных духу христианства. Он полагал, что христианские истины должны свободно распространяться посредством издания «ежедневной духовной газеты, голос которой раздавался бы по всей России». Дьяченко разработал программу газеты, предложил название «Голос христианина». Газета должна была содержать сведения о святых дня, публиковать статьи, распределяя их по отделам (политический, церковно-общественный, церковной беллетристики, проповеднический, литургический, духовной поэзии, психологии, прикладных знаний и библиографический); печатать статьи апологетического и миссионерского характера о христианской вере и нравственности, доступно излагающие «историко-философским путём» важнейшие истины догматики и этики; статьи к утешению несчастных и скорбящих христиан на основании Слова Божьего и творений святых отцов. Предполагалось, что газета будет издаваться в Москве ежедневно, кроме дней, следующих за воскресными и праздничными днями (статья вызвала оживлённую дискуссию). После 1990 г. труды Дьяченко (особенно сборники и пособия к совершению таинства исповеди) были многократно переизданы. Составленные им книги для чтения «Луч» и «Доброе Слово» были довольно широко распространены в народных школах. Главные труды: «Ежедневные поучения в слове Божием по руководству литургийных евангельских и апостольских чтений во дни воскресные, праздничные и седмичные (будние) всего года (в 3-х т.». М., 1897); «Слова, поучения, беседы и речи пастыря церкви на разные случаи» (М., 1898); «Полный церковно-славянский словарь» (М., 1900); «Духовный мир. Рассказы и размышления, приводящие к признанию бытия духовного мира» (M., 1901); «Из области таинственного. Простая речь о бытии и свойствах души человеческой» (М., 1900); «Полный годичный круг кратких поучений, составленных на каждый день года» (М., 1901); «Духовный мир: Рассказы и размышления, приводящие к признанию бытия духовного мира: Добавление к книге «Из области таинственного» (М., 1900); «Праздничный отдых христианина: Собрание общедоступных духовно-назидательных рассказов и размышлений» (в 2-х ч. М., 1900); «Искра Божия: Сборник рассказов и стихотворений, приспособленных к чтению в христианской семье и школе для девочек среднего возраста» (М., 1903); «Практическая симфония для проповедников Слова Божия, содержащая в алфавитном порядке своды библейских текстов на разные догматические, нравственные и церковно-практические истины» (М., 1903); «Полный православный энциклопедический словарь» (СПб., 1913. М., 1997).