Словами известного российского филолога В.В. Иванова: «Целый ряд мест указанного перевода … почти буквально следует тексту Шилейко не только в ритме, но и в конкретном подборе слов». Дьяконов, в своей «Книге воспоминаний» подтверждает, что долгое время работал с рукописью В.К. Шилейко, но утверждает, что она представляла собой «черновые и незавершённые наброски, часто без начала и конца», а также, что её издание «неосуществимо». В то же время другие исследователи считали рукопись «Ассиро-вавилонский эпос» законченной и готовой к публикации, более того, большая часть её была опубликована без каких-либо дополнительных консультаций с ассириологами в 1987 г. Кроме этого, родственники Шилейко утверждают, что смогли отобрать рукопись у Дьяконова, только прибегнув к помощи сотрудника милиции. Дьяконов в переписке с В.В. Ивановым указывал, что он «против преувеличения зависимости его перевода от сделанного Шилейко» и намеревался вернуться к этому вопросу, но в течение 12 лет (с момента выхода комментариев Иванова и до своей смерти в 1999 г.) Дьяконов так к этому вопросу и не вернулся. Однако на добросовестность его работы с рукописями Шилейко указывает обнаруженное в архиве семьи Шилейко письмо В.К. Андреевой-Шилейко И.М. Дьяконову от 23 августа 1940 г. (сохранился его черновик), в котором сказано: «В Вашем письме Вы спрашиваете, не сохранилось ли в бумагах Владимира Казимировича переводов других текстов Гильгамеша (помимо VI таблицы). К сожалению, нет, хотя Владимиром Казимировичем были переведены все части Гильгамеша полностью, и им об этом эпосе было подготовлено большое исследование. Но по воле рока все материалы по этой его работе пропали на его ленинградской квартире во время пребывания в Москве. Пропажа эта была тяжёлым ударом моему покойному мужу, хотя он и имел обыкновение говорить, что горевать не о чём, так как то, что не удалось завершить ему, все равно сделают другие. И он, наверно, порадовался бы, найдя в Вашем лице себе продолжателя». Таким образом, из переписки следует, что полный перевод эпоса о Гильгамеше был потерян ещё при жизни В.К. Шилейко, и его вдова благословила молодого учёного И.М. Дьяконова на то, чтобы сделать новый перевод (точку в этой дискуссии об авторстве должно поставить академическое издание тех переводов Шилейко, которые сохранились). Ассириологическая оппозиция Дьяконова в лице А.Г. Кифишина в научной печати обвинила Игоря Михайловича в другом – в переводе эпоса о Гильгамеше не с аккадского, а с немецкого языка: «Поэма о Гильгамеше… Переводы и интерпретации текста многочисленны; назовём лишь некоторые из них: (далее следует перечисление, в том числе издание) Schott 1958. По последнему сделан и „перевод“ эпоса о Гильгамеше с немецкого И.М. Дьяконова (А. Шотт не ассириолог, а обычный литератор)». Не будучи членом АН СССР (РАН), И.М. Дьяконов состоял академиком Британской Академии наук, почётным членом Американского востоковедного общества, Королевского Азиатского общества Великобритании, Азиатского общества Франции, Американской Академии искусств и Академии естественных наук РФ.