Ему принадлежат важные главы в первом томе «Всемирной истории» (М., 1956), трёхтомном учебнике «Истории древнего мира» (М., 1982) и первом томе «Истории Востока» (М., 1997). Также совместно с другими авторами он написал: «История Древнего Востока. Ч.1. Кн.1–2. «Наука», М., 1983–1988. После некоторых колебаний (выразившихся, в частности, в том, что в ряде работ он вместо рабовладельческого способа производства стал говорить просто о древнем способе производства) И. М. Дьяконов самым решительным образом выступил в защиту тезиса о принадлежности древневосточных обществ к рабовладельческой формации. Вышедший в 1983 г. под его редакцией первый том «Истории Древнего Востока» был демонстративно (в пику всем противникам официальной точки зрения) назван «Зарождение древнейших классовых обществ и первые очаги рабовладельческой цивилизации». Среди его монографических работ: «Архаические мифы Востока и Запада, М., 1990. У многих специалистов по соседним областям знаний, в частности, среди египтологов, данная работа произвела далеко не позитивный отклик; среди оппозиционного направления ассириологов (Кифишин, Вассоевич, Святополк-Четвертынский) она вызвала глубокое неприятие, прежде всего, в связи с чрезмерно завышенным материалистически-позитивистским подходом к проблемам духовного плана. Книга «Пути истории: от древнейшего человека до наших дней». «Восточная литература», М., 1994 вызвала серьёзную критику некоторых историков (Игорь Михайлович сам называет эту книгу «авантюрой»). Наиболее последовательно концепция И.М. Дьяконова, выдвинутая в «Путях истории», разобрана Юрием Ивановичем Семёновым (род. в 1929 г.) в его монографии «Философия истории». В противовес когда-то бывшей официальной пятичленной схеме смены формаций И.М. Дьяконов выдвигает свою схему восьми фаз исторического развития: первобытная, первобытнообщинная, ранняя древность, имперская древность, средневековье, стабильно-абсолютистское постсредневековье, капиталистическая, посткапиталистическая. Формации в марксистской схеме выделены по одному признаку, у И.М. Дьяконова дело обстоит совершенно иначе. Первая фаза отделена от второй по признаку формы хозяйства, вторая от третьей – по признаку отсутствия и наличия эксплуатации, третья от четвёртой – по признаку отсутствия или наличия империй, наконец, «первым диагностическим признаком пятой (средневековой фазы исторического процесса) является превращение этических норм в догматические и прозелитические…» Иначе говоря, вся периодизация И.М. Дьяконова построена (в понимании Ю. Семёнова) с нарушением элементарных правил логики. Он непрерывно меняет критерий выделения фаз. В результате членение на фазы приобретает чисто произвольный характер. Согласно Ю. Семёнову, применяя подобного рода ненаучный метод, можно выделить сколь угодное количество фаз. По мнению исследователей, нелогичность пронизывает всю книгу И.М. Дьяконова. Например, с одной стороны, автор видит важнейший, коренной недостаток всех существующих концепций исторического развития в том, что они построены на идее прогресса, а с другой, сам же выделяет восемь стадий поступательного, восходящего движения истории, т.е. сам строит свою схему на идее прогресса. Самое же удивительное заключается в том, что, отбрасывая то положительное, что есть даже в официальной марксистской схеме (не говоря уже о созданной самим Карлом Марксом), И.М. Дьяконов не только принимает, но доводит до абсурда её линейно-стадиальную интерпретацию. Все страны, все зоны, все регионы развиваются одинаково и проходят одни и те же стадии развития.