На концепцию И.М. Дьяконова оказали значительное влияние работы Торкильда Якобсена (1904–1993 гг.) о ранней политической истории Двуречья. Поэтому она была хорошо принята американскими шумерологами, в частности, Самуэлем Ноем Крамером (1897–1990 гг.), который основывал на «тщательном и творческом исследовании Дьяконова» собственный очерк устройства шумерского города. Некоторый вклад внёс И.М. Дьяконов и в изучение шумерского языка, написав ряд статей об эргативной конструкции предложения, о числительных. Начиная с 1990 гг. в шумерологии возрождаются поиски типологически, а в перспективе, возможно, и генетически близких шумерскому языков. В 1991 г. Р. Иосивара в своей монографии сопоставил шумерский язык с японским, а в 1996 г. П.К. Манансала опубликовал свои аргументы с привлечением как фонетических, так и морфологических и лексических данных в пользу родства шумерского с языками австронезийской группы, куда он включил (кроме мунда) ещё и японский. Через год после публикации П.К. Манансалы И.М. Дьяконовым было продолжено обоснование гипотезы родства шумерского языка и языков группы мунда: сходными оказались, помимо нескольких десятков имён, некоторые термины родства и падежные показатели. Интерес у исследователей вызывает тот факт, что именно на сопоставлении шумерского языка с языками мунда сходятся позиции И.М. Дьяконова и его непримиримого оппонента Анатолия Георгиевича Кифишина (род. в 1935 г.). Впрочем, сравнение с мунда оказалось не лучшим ходом ни для А.Г. Кифишина, ни для И.М. Дьяконова: в 2001 г. сильные аргументы в пользу родства с сино-тибетской языковой группой (особенно со старотибетским языком) выставил Ян Браун (род. в 1926 г.), приведя 337 лексических соответствий, в том числе показатели первого и второго лица единственного числа местоимений, числительные, обозначение частей тела и термины родства (в 2004 г. он дополнил список лексических соответствий до 341-го). О компаративных исследованиях Яна Брауна И.М. Дьяконов упоминает в 1967 г. ещё в «Языках древней Передней Азии», однако всё же следы обнаруживаемого родства в австронезийских языках и мунда оказываются следами субстрата в этих языках, принадлежащего именно к сино-тибетской языковой группе. Разнообразие научной деятельности И.М. Дьяконова позволило ему внести большой вклад в сравнительное языкознание. Сразу несколько его работ претендуют на фундаментальность в данной области: «Семито-хамитские языки. Опыт классификации». М., Наука. 1965; «Языки древней Передней Азии». М., Наука. 1967; «Сравнительно-исторический словарь афразийских языков (совместно с А.Г. Беловой и А.Ю. Милитарёвым). М., 1981–1982 (не завершён, издано несколько выпусков); «Afrasian Languages», Nauka, Moscow, 1988; «Хуррито-урартские и восточно-кавказские языки» // Древний Восток: Этнокультурные связи (совместно с Сергеем Анатольевичем Старостиным). Москва, 1988; «Языки Азии и Африки. Т.4. Афразийские языки. Кн.1–2. М., Наука. 1991–1993 (к этому тому Дьяконовым написано обширное введение, в котором даётся общая характеристика сравнительной грамматики афразийских языков). Игорь Михайлович интересовался также вопросами дешифровки древних письменностей и содействовал изданию на русском языке целого ряда фрагментов и отрывков из передовых трудов по истории письма, которые вышли с его подробными комментариями о современном состоянии вопроса. Кроме того, Дьяконов является автором следующих лингвистических гипотез: о родстве этрусского языка с хурритским языком (совместно с С.С. Старостиным), о родстве шумерского языка с языками мунда. И.М. Дьяконов опубликовал несколько обобщающих работ по истории.