В условиях доминирования М.Н. Покровского в тогдашней советской исторической науке это письмо отказались публиковать (оно увидело свет только спустя 50 лет). В 1930 г. Н.М. Дружинин был арестован, затем освобождён. В 1920–1930 гг. он занимался историей декабристского движения в России. Автор монографии «Декабрист Никита Муравьёв» (1933 г.), основанной на научной работе (аналоге кандидатской диссертации), защищённой им в 1929 г. Это исследование основано на тщательном изучении сочинений и переписки Муравьёва, на сопоставлении его конституционного проекта с современными ему актами зарубежных государств (также был автором статей о Павле Ивановиче Пестеле, Сергее Петровиче Трубецком, Захаре Григорьевиче Чернышёве, Иване Дмитриевиче Якушкине, программе Северного общества). В 1929–1948 гг. преподавал в МГУ им. М. В. Ломоносова, в 1946–1948 гг. – в Академии общественных наук при ЦК ВКП(б). С 1946 г. – член-корреспондент АН СССР, с 1953 г. – действительный член АН СССР. Автор проблемно-методологических статей «О периодизации истории капиталистических отношений в России» («Вопросы истории», 1949 г., № 11; 1951 г., № 1), «Конфликт между производительными силами и феодальными отношениями накануне реформы 1861 г.» (там же, 1954 г., № 7), в которых выступал сторонником марксистского направления в исторической науке. Автор неоднократно переиздававшейся автобиографической книги «Воспоминания и мысли историка» (1967 г.). В капитальной работе «Государственные крестьяне и реформа Павла Дмитриевича Киселёва» (её первый том вышел в 1946 г. и в следующем году был удостоен Сталинской премии второй степени; второй том был опубликован в 1958 г.) тщательно проанализировал историю государственных крестьян (это первое фундаментальное исследование, посвящённое этой категории сельского населения России). Выявил связь реформы П.Д. Киселёва с крестьянской реформой 1861 г. (считал реформу Киселёва «генеральной репетицией» освобождения крестьян). Первый том исследования посвящён экономическим и политическим предпосылкам реформы, второй – реализации основ реформы и характеристике её последствий. В 1958 г. начал исследование пореформенной деревни и происходивших в ней процессов, итогом которого стала монография «Русская деревня на переломе. 1861–1880», изданная в 1978 г. и удостоенная Ленинской премии. Сдержанно относился к крестьянской реформе 1861 г., концентрируя внимание на её негативных сторонах для российского крестьянства. Тщательно проанализировал групповые и региональные различия развития пореформенной деревни, основные тенденции складывавшегося по итогам реформы крестьянского хозяйства. До 1964 г. руководил деятельностью Комиссии по истории сельского хозяйства и крестьянства, изданием многотомной документальной серии «Крестьянское движение в России». Умер 8 августа 1986 г. Могила Н.М. Дружинина на Новодевичьем кладбище Москвы (участок № 10).