В конце января османское правительство направило в Палестину специальную комиссию для изучения обстановки. Под впечатлением массовых выступлений арабов комиссия 30 января постановила, что низложение патриарха Дамиана является незаконным. 7 февраля власти выслали из Палестины самых непримиримых противников Дамиана – секретаря патриархии Мелетия (Метаксакиса) и ректора Богословской школы Хризостома (Пападопулоса). 10 февраля местоблюститель архиепископ Тивериадский Мелетий скончался от сердечного приступа. 16 февраля под давлением османского губернатора Иерусалима Синод обратился к патриарху Дамиану с просьбой о прощении и примирении. Летом 1909 г. возвращение Дамиана на престол признали Константинопольский и Александрийский патриархи. Тяжелейшим периодом в истории Иерусалимской церкви стала Первая мировая война 1914–1918 гг. В условиях военного времени самостоятельность религиозных общин была упразднена, христиан призывали в армию, реквизиции разоряли хозяйство страны. Голод и холера унесли тысячи жизней. Осенью 1917 г. военные действия развернулись на территории Палестины. В ноябре, когда фронт приблизился к Иерусалиму, турки арестовали Дамиана и выслали его в Дамаск. К осени 1918 г. Великобритания оккупировала весь Ближний Восток. 6 сентября 1918 г. патриарх Дамиан был вторично низложен. Местоблюстителем стал архиепископ Синайский Порфирий. Однако на сторону патриарха встал главнокомандующий на Ближнем Востоке генерал Эдмунд Алленби и в конце декабре 1918 г. вернул его в Иерусалим. Патриарх Дамиан сумел подавить внутреннюю оппозицию, но его финансовое положение оставалось плохим. Осознавая свою зависимость от расположения британских властей, он демонстрировал им лояльность, что выражалось, в частности, в сближении патриарха с англиканской церковью. В 1925 г. Дамиан посетил Лондон по случаю празднования 1600-летнего юбилея первого Вселенского собора. Напряжённость в отношениях греческого клира и арабской паствы сохранялась и в 1920 гг. Патриарх Дамиан проявил себя стойким приверженцем церковного юлианского календаря. В 1902–1904 гг. он присоединился к Константинопольскому патриархату и Священным Синодам Русской, Греческой и Румынской поместных церквей в официальном осуждении григорианского календаря. В апреле 1923 г. патриарх Дамиан, вместе с Антиохийским патриархом Григорием IV (1906–1928 гг.), Сербским патриархом Димитрием (1905–1930 гг.) и Александрийским патриархом Фотием (1900–1925 гг.) направил Константинопольскому патриарху Мелетию IV (1921–1923 гг.) прение в связи с календарной реформой. В последние два года жизни патриарх Дамиан из-за тяжёлой болезни отошёл от дел. Церковью управляла специальная Чрезвычайная комиссия. Скончался он 14 августа 1931 г. в Иерусалиме.