В 1860 гг. было решено обновить раку Давида. В рапорте, посланном настоятелем монастыря Иоанном экзарху Грузии Евсевию (Ильинскому), наряду с другими сведениями содержатся данные о форме и строении раки (285х132х36 см). Могила была обложена кирпичом на известковом растворе, имела сводчатое перекрытие и небольшое отверстие «для доставления священного праха» (Центральный государственный исторический архив Грузии). В 1880 гг. стараниями Михаила Павловича Сабинина рака была обновлена: на могилу возложена мраморная плита, обведённая по периметру надписью, на восточной стене рукава была установлена большая живописная икона Спасителя (Государственный музей искусств Грузии, XIX в.). Приблизительно к этому же периоду относится свидетельство иеромонаха Каллистрата, сообщившего, что на раке «стоит новый позолоченный гроб из ореха, а на нём – изображение святого Давида, покрытое парчой, расшитой канителью». Исследователи полагают, что под «гробом» имелась в виду внутренняя часть могильной плиты с изображением Давида, вырезанным по дереву. В 1917–1918 гг. святыни Гареджи пострадали, были разорены раки Давида и св. Додо. В 1926 г. Г. Бочоридзе обнаружил во дворе лавры разломанный надвое камень (225х98 см) с гробницы Давида, который перевезли в Тифлис (хранится в лапидарии Армазисхеви: Государственный музей искусств Грузии; Центральный государственный исторический архив Грузии). По периметру плиты следует надпись на асомтаврули: «Величаем тя, преподобный отче Давиде, и чтим святую память твою, наставниче монахов и собеседниче Ангелов. Помилуй Сабинина, жившего в изгнании. 1892 г.». В 1960 гг. была осуществлена реставрация усыпальницы Давида: планировка раки времён позднего Средневековья была сохранена, внутреннее пространство заполнено на 40 см слоем каменистого щебня и строительного мусора. Прямоугольное перекрытие раки оштукатурили цементным раствором. 11 июня 2000 г. по благословению католикоса-патриарха всей Грузии Илии II (Гудушаури-Шиолашвили) с целью обновления раки Давида. Отделом охраны и поиска святынь Грузинской патриархии и Центром по изучению Гареджи была начата расчистка могилы преподобного. В работе также принимала участие братия Давидгареджийской лавры, окормляемая игумено Лукой (Ломидзе; ныне епископ Сагареджойский и Ниноцминдский). Сразу же после вскрытия могилы Давида католикос-патриарх Илия II (Гудушаури-Шиолашвили) отслужил молебен преподобному. Из могилы была взята частица мощей (хранится в Грузинской патриархии), мощи были обложены иерусалимской землёй и орошены благовониями, сверху поместили чашу с изображением Рождества Христова и покров и засыпали очищенной землёй из могилы. Работы были завершены осенью 2000 г., рака Давида была облицована болнисским туфом, на неё возложена плита, украшенная изображениями оленя и жезла, надписью и орнаментом, имеющая небольшое углубление, в котором покоится аналог Камня благодати. Часть обнаруженного в раке вещественного материала (фрагменты керамики, дерева, стекла и металла) перенесли в Тбилиси (Государственный музей искусств Грузии).