В результате боевых действий появились многочисленные жертвы, в том числе среди мирного населения. Однако некоторые священнослужители-молдаване в Приднестровье отказывали прихожанам в совершении панихид по воинам и мирянам, погибшим в ходе боёв с вооружёнными частями Молдавии, что приводило к конфликтам священников с паствой. Данную ситуацию использовала УАПЦ: весной 1992 г. так называемый киевский патриарх Мстислав (Скрыпник) учредил Дубоссарско-Приднестровскую епархию с центром в Дубоссарах (кафедральный собор – во имя великомученицы Параскевы), которую возглавил «епископ» Софроний (Власов). В состав епархии вошли восемь приходов (в Тирасполе, в Дубоссарах и шесть сельских), их окормляли восемь священников, приехавших с Украины. Эти действия были поддержаны местными властями, которые видели в них единственную в то время возможность помочь православным христианам Приднестровья сохранить славянский вектор духовного развития. К осени 1993 г. епархия перешла в юрисдикцию УПЦ(КП). Она просуществовала до 18 июля 1995 г., когда в составе Кишинёвско-Молдавской митрополии РПЦ было образовано Дубоссарское викариатство. В 1995 г. «епископ» Софроний уехал из Приднестровья, за ним последовала часть духовенства, оставшиеся представители Дубоссарско-Приднестровской епархии УПЦ(КП) принесли покаяние и были рукоположены митрополитом Кишинёвским и всея Молдавии Владимиром (Кантаряном) с назначением их на приходы в Приднестровье. Перед новосозданным Дубоссарским викариатством, в первую очередь, стояли задачи ликвидации церковного раскола и укрепления церковной дисциплины. В Приднестровье были построены храмы: Покровский (1989–1998 гг.) и Свято-Николаевский (1996 г.) в Тирасполе, храм во имя апостола Андрея Первозванного на территории военного городка Оперативной группы российских войск в Приднестровском регионе (1997 г.), в Бендерах возобновились богослужения в церкви во имя апостолов Петра и Павла (1997 г.). Шла реставрация храмов: весной 1997 г. начался ремонт собора великомученицы Параскевы в Дубоссарах, в 1997 г. приступили к реставрации Преображенского собора в Бендерах, долгое время бывшего средоточием церковной жизни Приднестровья и сильно пострадавшего во время вооружённого конфликта в 1992 г. В период существования Дубоссарского викариатства был заложен величественный кафедральный собор в честь Рождества Христова в Тирасполе (сентябрь 1998 г.), в том же году в городе Рыбница возобновилось прерванное на восемь лет строительство Михаило-Архангельского собора – крупнейшего храма в Кишинёвско-Молдавской митрополии. Значительно увеличилось количество сельских приходов.