К началу XVI в. богатый и влиятельный монастырь превратился в источник доходов для членов королевской семьи и римских кардиналов, которые формально числились настоятелями Данфермлина. Лорд-аббат монастыря стал одним из влиятельных должностных лиц в Шотландии; так, последний настоятель, Джордж Дьюри (1549–1560 гг.), был архидиаконом Сент-Андрусской кафедры, членом регентского совета и хранителем государственной печати. В январе 1560 г. с приближением Реформации он бежал в Эдинбург, взяв с собой мощи св. Маргариты. 28 марта 1560 г. отряд сторонников Реформации, направляясь в Стерлинг, полностью разгромил аббатство. Летом того же года в Данфермлин был назначен Д. Фергюсон, протестантский проповедник, дважды избиравшийся модератором Генеральной ассамблеи Шотландской церкви. В 1564 г. часть храма восстановили и приспособили для проповеди. При храме, по крайней мере, 20 лет, подвизалось несколько монахов, которые ухаживали за королевскими гробницами. Обширные владения монастыря постепенно были распределены среди протестантской знати, значительная часть досталась распорядителю монастырским имуществом Р. Питкэрну, называвшему себя аббатом. В 1587 г. король Яков VI (впоследствии английский король Яков I Стюарт) отобрал оставшиеся владения в свою пользу. Формально аббатство было упразднено в 1593 г., когда оно окончательно перешло в руки короны. Часть построек аббатства использовалась как резиденция королевы Анны Датской, жены Якова VI; в 1600 г. здесь родился будущий король Карл I Стюарт. Другая часть монастыря стала приходской церковью для горожан. В церковных документах встречаются упоминания о плохом состоянии храма, где нередко обваливались стены. В 1817–1821 гг. восточная часть храма была разобрана, на её месте возведена новая церковь. При строительстве было обнаружено захоронение короля Шотландии (1306–1329 гг.) Роберта Брюса (1274–1329 гг.). В настоящее время храм бывшего аббатства принадлежит пресвитерианской Шотландской церкви. Церковь конца XI в. представляла собой трёхнефную романскую базилику с трансептом, напоминающую собор в Дареме (в меньшем масштабе). От неё сохранился неф, потолок которого опирается на шесть пар мощных круглых столбов. Боковые нефы перекрыты каменным сводом, центральный имеет деревянное перекрытие. Сохранились два портала, украшенные зигзагообразным орнаментом; готические оконные переплёты относятся к более позднему времени. Обширный готический хор первой половины XIII в. (в 1500 г. в нём было не менее 20 алтарей) был полностью разобран. О нём напоминают лишь остатки капеллы Богоматери с каменным основанием для раки св. Маргариты, уцелевшие при последующих перестройках. Воздвигнутая на этом месте просторная приходская церковь – интересный образец шотландской церковной архитектуры XIX в. Крестообразный храм воздвигнут в неоготическом стиле, в средокрестии находятся алтарный стол и кафедра для проповедника. Под кафедрой – надгробие Роберта Брюса, который считается национальным героем Шотландии. Среди других достопримечательностей Данфермлина – бывший дом аббата (середина XV в., перестроен в начале XVIII в.), руины дворца и пещера св. Маргариты.