Наибольшего напряжения достигла обстановка в подчинённых друзскому каймакаму маронитских районах, где распространились реваншистские настроения. В мае 1845 г. начался второй этап Друзко-маронитской войны. Друзы вновь оказались более сплочёнными и лучше организованными в военном отношении; кроме того, им на помощь прибыли единоверцы из Антиливана и Джебель-Друза. Результатом столкновения стали десятки разорённых христианских поселений, сотни убитых и тысячи маронитских беженцев, хлынувших на побережье Ливана. Османские власти вновь не спешили разъединить и разоружить враждующие стороны. Только под давлением европейских держав султанское правительство решилось завершить начатую административную реформу, что несколько снизило этноконфессиональную напряжённость. Относительно мирное сосуществование ливанских общин продлилось 15 лет. Историки расходятся в определении того, что лежало в основе третьего, наиболее ожесточённого этапа Друзко-маронитского конфликта – массового кровопролития 1860 г.: желание традиционной маронитской и друзской знати отвлечь внимание крестьян-единоверцев от борьбы за ликвидацию сословных привилегий, интриги европейских держав, искавших предлог для вмешательства в османские дела, заговор приближённых султана, противившихся проведению реформ, или столкновение, носившее стихийный характер. На этом этапе Друзко-маронитского конфликта в центральных и южных областях Ливана предшествовало восстание на севере страны, где крестьяне-марониты взбунтовались против феодалов-единоверцев. Маронитская церковь, в которой преобладали выходцы из простонародья, решила воспользоваться благоприятным моментом, чтобы заявить о претензиях не только на духовную, но и на светскую власть. Действуя под прикрытием религиозно-политической организации «Местная христианская ассоциация», иерархи снабжали оружием христианские молодёжные отряды Южного Ливана, призывая к истреблению друзов и созданию отдельного христианского государства под французским протекторатом. В свою очередь, друзские шейхи также разжигали религиозный фанатизм своих единоверцев. Первыми военные действия начали марониты (26 мая 1860 г.), но вскоре инициатива перешла к друзам, которые сплотились под предводительством традиционных лидеров. Высокая дисциплина и моральный дух друзов позволяли им одерживать победы даже над многократно превосходившими их силами противника, в результате христианское ополчение севера перестало помогать единоверцам. Было разрушено большинство маронитских городов и селений Центрального и Южного Ливана, около 500 церквей, 40 монастырей и 30 христианских школ, погибло 6–10 тыс. христиан, десятки тысяч беженцев искали убежища в приморских городах. Только 6 июля по настоянию европейских консулов бейрутскому паше пришлось вмешаться и побудить друзских и маронитских лидеров заключить соглашение о мире. Османские власти провели показательные аресты турецких чиновников и друзских шейхов. Однако в августе, когда в стране уже воцарилось спокойствие, Франция под предлогом защиты местного христианского населения ввела в Ливан войска. Прямая угроза европейской оккупации подтолкнула османские власти провести кардинальную реформу политического управления и социальной организации в Горном Ливане. «Органический статут Ливана», принятый в 1861 г. и получивший окончательную редакцию в 1864 г., в целом удовлетворял претензиям и друзской и маронитской общин, уставших от кровопролитной междоусобной борьбы. На долгие десятилетия в Ливане установился религиозный мир.