После пребывания французов в Донском монастыре исчезли антиминсы и ценные предметы утвари, была разрушена церковь во имя святых Захарии и Елисаветы, в колокольне, в кельях разобраны полы. Однако пожар Москвы 1812 г. не коснулся Донского монастыря. В XIX – начале XX вв. Донской монастырь оставался ставропигиальным, т.е. подчинялся Московской конторе Святейшего Синода в лице благочинного ставропигиальных монастырей. В Донском монастыре настоятельствовали игумены (первый известный исследователям игумен Гурий упоминается в 1598 г.), с 1683 г. – архимандриты, в том числе в 1721–1727 гг. – будущий Воронежский епископ Иоаким (Струков), в 1728–1732 гг. – будущий Черниговский архиепископ Иларион (Рогалевский), в 1747–1748 гг. – будущий Белгородский епископ Порфирий (Крайский), в 1748–1753 гг. – будущий Переяславский епископ Иоанн (Козлович), в 1774–1776 гг. – будущий Коломенский епископ Феофилакт (Горский), в 1776–1778 гг. – будущий Казанский архиепископ Павел (Зёрнов), в 1792–1794 гг. – будущий Екатеринославский архиепископ Платон (Любарский), в 1794–1795 гг. – будущий Подольский архиепископ Иоанникий (Никифорович-Полонский), в 1797–1801 гг. – будущий Калужский епископ Евлампий (Введенский), в 1814–1816 гг. – будущий Ярославский архиепископ Симеон (Крылов-Платонов), в 1816–1817 гг. – будущий Тобольский архиепископ Амвросий (Рождественский-Вещезеров), в 1817–1818 гг. – будущий Ярославский архиепископ Евгений (Казанцев), в 1818–1819 гг. – будущий Екатеринославский архиепископ Феофил (Татарский), в 1819–1821 гг. – будущий Владимирский архиепископ Парфений (Чертсков), в 1821–1823 гг. – будущий Пермский епископ Дионисий (Цветаев). В 1854–1871 гг. Донским монастырём управлял архиепископ Евгений (Казанцев), в 1879–1883 гг. – епископ Хрисанф (Ретивцев), в 1886–1895 гг. – Кавказский епископ Герман (Осецкий), в 1910–1914 гг. – Тверской архиепископ Алексий (Опоцкий). Грамотой митрополита Рязанского и Муромского Стефана (Яворского) от 13 ноября 1715 г. архимандритам Донского монастыря дозволялось служить в митре, с рипидами, с палицей, с орлецом и с осенением, а посох иметь с сулком. 14 апреля 1731 г. указом императрицы Анны Иоанновны архимандриту Илариону (Рогалевскому) – первому из русских архимандритов – пожалованы панагия, мантия с красными бархатными скрижалями, а также было дано право совершать богослужение с осенением «трёхплетёной свечой». В 1778 г. архимандрит Аввакум (Миланкович) был награждён бриллиантовой панагией, украшенной изумрудами. В 1651 г. в Донском монастыре проживали игумен, иеромонах, шесть монахов и служка, в 1664 г. в штате Донского монастыря находились священник, уставщик-подкеларник, два дьяка, пономарь, два работника и служка, в 1730 г. – 70 монашествующих; в 1735 г. было 63 насельника. С конца XVIII в. в Донской монастырь направляли московских клириков для исправления или «в надежде пострига». Случалось, количество бельцов составляло треть или более всей братии. В 1774 г. в Донском монастыре проживало девять иноков и восемь белых священников, хотя должно было находиться, по штатам, 33 человека (Российский государственный архив древних актов, 1774 г.). Эта ситуация неблагополучно сказывалась на внутренней жизни обители.