После возвращения Даниила Катунакийского в Ватопед ему была предложена должность эпитропа (советника) Святой Горы, однако и от неё он решительно отказался, намереваясь возобновить подвиг безмолвия. Прожив пять лет в Ватопеде (1875–1880 гг.), он переселился в приобретённую им небольшую исихастскую каливу в Катунакиях. Это место было пустынным и безводным. Первые три с половиной года Даниил Катунакийский провёл в полном одиночестве, трудах и лишениях. Слава о нём как об опытном духовном наставнике, преуспевшем в посте и молитве, постепенно распространилась по Афону. К нему стали приезжать паломники со всей Греции. С 1883 г. вокруг Даниила Катунакийского начали собираться монахи, и постепенно сложилось братство Данилеев. Старец обучал духовных чад иконописному мастерству, создал Дом иконописи, где до сих пор хранятся иконы, написанные его рукой. С умножением насельников возникла необходимость в расширении и благоустройстве каливы. Однако из-за противодействия Великой Лавры строительство затянулось. Наконец, в 1904–1905 гг. было построено новое, двухэтажное крыло с кельями, архондариком (гостиницей), иконописной мастерской и храмом в честь преподобных отцов, на Афоне просиявших. Бóльшую часть средств для строительства храма предоставил иеромонах Кодрат из монастыря Каракал. Посильную помощь также оказывал Пентапольский митрополит Нектарий Эгинский, с которым Даниила Катунакийского связывала духовная дружба. В 1928 г., незадолго до смерти старца, монахи провели воду из Большого скита св. Анны, что значительно облегчило их сельскохозяйственные труды. В сентябре 1929 г. Даниил Катунакийский простудился. Предчувствуя скорую кончину, он попросил причастить его и произнёс пророчество о своей каливе: «И распространится калива сия, и будет у вас два священника, и множество монахов приидет…» В день Рождества Богородицы (8 сентября), после Божественной литургии и таинства Соборования, на 83-м году жизни старец отошёл ко Господу. В Катунакийской пустыни Даниил Катунакийский провел больше 48 лет. Он снискал дар духовного рассуждения, прекрасно знал святоотеческое наследие и обладал огромной силой убеждения. Он отвратил братию Лонговардского монастыря (на острове Парос) от распространившейся ереси богослова Апостолоса Макракиса, уберёг от прелести и различных заблуждений многих мирян и монахов.