Удостоверившись в благочестии и безупречном поведении послушника, игумен вскоре постриг его в монахи с именем Даниил. В монастыре Даниил Катунакийский вычитывал престарелому архимандриту Герасиму вседневное последование, вязал шерстяные чулки и носки для братии, а позже занимался иконописью. Видя образованность Даниила Катунакийского, его вскоре сделали секретарём монастыря. Когда в обители начались распри между греческими и русскими монахами (так называемый греко-русский пантелеимоновский процесс), Даниил Катунакийский отстаивал интересы греков. В 1875 г. вместе с тремя монахами он был послан к Константинопольскому патриарху Иоакиму II. Патриарх принял сторону русских, а Даниил Катунакийский после многочисленных протестов против позиции патриарха был наказан изгнанием из монастыря великомученика Пантелеимона и запретом некоторое время жить на Святой Горе. Он отправился в Фессалонику, где был радушно принят митрополитом Иоакимом (будущий Константинопольский патриарх Иоаким III), который направил его в монастырь великомученицы Анастасии у села Василика. С прибытием Даниила Катунакийского началось духовное возрождение этой обители. Под его влиянием братией монастыря был принят богослужебный Устав Святой Горы. Через два месяца Даниил Катунакийский вернулся на Афон и решил найти себе для безмолвия уединенную каливу. Придя в Ватопедский монастырь, он два месяца провёл в монастырской больнице после приступа нефрита, болезни, мучившей его на протяжении десяти лет. В праздник Положения честного пояса Пресвятой Богородицы (31 августа) Даниил Катунакийский чудесным образом выздоровел. Он намеревался покинуть обитель, но братия просила его остаться. Получив благословение духовника Нифонта, Даниил Катунакийский остался в Ватопеде, выполнял обязанности архондаря (заботился о питании и размещении гостей обители). Позже был направлен в Смирну для благоустройства подворья Ватопедского монастыря, где провёл девять месяцев. Всё это время люди приходили к нему за духовной поддержкой и советом. Митрополит Смирнский Мелетий хотел возвести Даниила Катунакийского в сан викарного епископа, но тот счёл себя недостойным этого сана.