Когда после очередного опустошения Дохиара в результате пиратского набега в обители оставался единственный монах, назначенный Протатом для возжигания лампад, от св. воды из дохиарского источника получил исцеление иерей Георгий, церковный эконом из Адрианополя. Продав своё значительное имущество, он принял постриг с именем Герман, стал игуменом Дохиара и посвятил жизнь возрождению обители. Время его игуменства, как полагают исследователи, приходилось на 1520–1540 гг. Им были отстроены стены, здания, восстановлены монашеские келлии. В «Повести...» говорится, что игумен Герман отправился в Россию для сбора денег на строительство храма, но достиг только Молдавии, где господарь Петру Рареш (1527–1538; 1541–1546 гг.), услышав о многих чудесах св. архангелов и бедствиях обители, дал ему достаточное количество средств для этой цели. Из других документов исследователям известно, что в 1536 г. он пожертвовал на Дохиар 3 тыс. аспров и 400 аспров на доставку монахов в монастырь. Возведение нового кафоликона вместо обрушившегося (1554 г.) состоялось позднее, уже после смерти игумена Германа, при молдавском господаре Александру Лэпушняну. Об этом кроме исторических источников свидетельствуют ктиторская надпись кафоликона: «Сей божественный храм… воздвигнут от основания и расписан иждивением благовернейшего господина Иоанна Александра, воеводы всей Молдовлахии, при игумене Феофиле в 1568 г.» – и фреска, где он изображён с супругой и тремя сыновьями. За ходом работ следил Молдавский митрополит Феофан, на покое поселившийся в келлии Дохиара в Карее и числившийся в братии; его гробница находится в левой части кафоликона Дохиара. Согласно монастырскому преданию, господарь Александру позднее принял постриг с именем Пахомий и был погребён в Дохиаре, впрочем, другие источники приписывают постриг с тем же именем Петру Рарешу. Ещё одним ктитором Дохиара был Прохор, архиепископ Охридский (1528–1550 гг.), о чём свидетельствуют рукописи, помянники Дохиара, ктиторские и дарственные надписи. Крупнейшим его вкладом помимо передачи многочисленных богослужебных книг является строительство монастырского крыла, где в настоящее время располагается трапезная. В 1568 г., сразу после окончания строительства храма, монахи Дохиара были вынуждены вновь обратиться за помощью к молдавским правителям, когда турецкий султан Селим II конфисковал всю движимую и недвижимую собственность Дохиара и продал её светским лицам. Господарь Богдан и его мать Роксандра выделили 165 тыс. аспров на выкуп имущества Дохиара. В 1570 г. был составлен торжественный договор при условии, что монахи ежегодно на праздник Николая Чудотворца будут совершать всенощное бдение в память ктиторов и устраивать трапезу для всех оказавшихся в этот день в обители.