В документе №1 архива Дохиара от 1037/1038 г. отмечено, что «во имя святителя Николая воздвигнутая обитель, Дафни (называемая) и Дохиаром прозванная». Название Дафни (греч. – лавр), по мнению исследователей, было дано обители по причине изобилия в том месте этих деревьев и перешло к современной афонской пристани. На древность основания монастыря, а также на раннее владение им собственностью за пределами Святой Горы указывает сообщение в документе от 1037 г. о том, что Дохиару «с незапамятных времён» принадлежит крупный надел в Перигардикии. Сведения «Повести...» содержат некоторые хронологические противоречия: Евфимий представлен современником Афанасия Афонского и императора Никифора III Вотаниата (1078–1081 гг.), а также дядей и предшественником игумена Неофита, управлявшего обителью в конце XI – начале XII в. Акты свидетельствуют о том, что перемещение монастыря на современное местоположение произошло при преемниках Евфимия: разрешение прота Святой Горы на строительство новой укреплённой обители к западу от монастыря Ксенофонт было получено между 1037 и 1089 гг. Прот Павел, защищая интересы Дохиара, говорит о том, что раньше по желанию прота Иосифа ксенофонтский игумен Дионисий добровольно передал монастырю «святителя Николая, или Дохиару» территориальные владения. Исследователи полагают, что эта земля была куплена Дохиаром в первой половине XI в., о чём свидетельствует другой документ, от 1344 г., где монахи Дохиара сообщают, что уже триста лет эта земля, приобретённая ктитором, принадлежит им. Владения Дохиара были небольшими и ограничивались пределами Ксенофонта и двух других, впоследствии исчезнувших монастырей. Обитель Дафни служила подворьем Дохиара до 1880 г., когда по неизвестным причинам эта собственность была утеряна. Её развалины южнее современных построек Дафни, справа от дороги к монастырю Симонопетра, сохранились до настоящего времени. Новым ктитором монастыря считается преподобный Неофит, сын великого дуки Иоанна. Согласно «Повести...», он занимал должность первого секретаря императора Никифора III Вотаниата, а затем великого патрикия. После смерти родителей с разрешения императора в возрасте 29 лет удалился на Афон к своему дяде, игумену Дохиара, которого позднее сменил в должности игумена, употребив всё отцовское и личное состояние на благоустройство обители. На эти деньги, а также на средства, полученные им от императора, он построил большую башню, кафоликон (соборный храм монастыря) во имя архангела Михаила, парекклисион (придел или отдельный малый храм) во имя Николая Чудотворца, келлии и проч., а также приобрёл для обители подворья за пределами Святой Горы. Неофит сообщает, что он, «разобрав прежнюю церковь, от оснований воздвиг в честь архистратига Небесных Сил Михаила» прекрасный храм и всячески его украсил.