К 1864 г. кроме денежных выплат, кредитных билетов в банке, свечной прибыли Десятинный монастырь получал доход с огорода, находившегося за пределами ограды, и небольшого стада (16 коров). В хозяйстве содержались также восемь лошадей. В 1864 г. для осушки погребов и огородов через городской вал провели специальные трубы с разъёмниками, годовой доход составил 5255 руб. 65 коп. Земли числилось 208 десятин. В 1868 г. на месте огородов было устроено кладбище, и построена каменная церковь во имя Всех святых. На 1894 г. неокладная сумма дохода, которая складывалась из процентов по билетам кредитных учреждений, оброка за аренду, кружечного сбора, пожертвований разных лиц, «проданного сборного хлеба», составила 6477 руб. Собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы к началу XIX в. являлся единственной каменной постройкой в монастыре. Осуществлённые в 1960 г. московским археологом Марком Хаимовичем Алешковским раскопки руинированного храма, а также произведённая в 1973 г. под руководством Нинель Николаевны Кузьминой консервация руин, сопровождавшаяся натурными исследованиями, позволили исследователям представить строительную историю храма. Результатом этой работы явилась разработанная Н.Н. Кузьминой графическая реконструкция памятника в формах XIV в. Исследования подтвердили факт строительства первого каменного храма монастыря в 1397 г. Собор представлял одноглавую четырёхстолпную постройку с трёхлопастным завершением фасадов, одной полуциркульной апсидой и западным притвором на ширину основного объёма. Фасады разделялись лопатками на прясла. Карниз апсиды украшали бегунец и поребрик – характерный элемент новгородской фасадной декорации XIV–ХV вв. В западной части храма размещались две угловые каморы, соединённые переходом. В них находились приделы во имя великомученика Пантелеимона и Иоанна Предтечи, устроенные к 1413 г. по инициативе Ивана Морозова. Впоследствии храм неоднократно перестраивался. В 1628 г. в притворе собора появился придел в честь иконы Божьей Матери «Знамение». По повелению царя Алексея Михайловича собор был «исправлен на казённый счёт». По мнению Н.Н. Кузьминой и Дмитрия Аркадьевича Петрова, в конце XVII в. собор был разобран до высоты шести – восьми рядов каменной кладки и вновь выстроен из кирпича. Надстроенный храм получил 8- или 4-скатную кровлю.