Секретариат по содействию христианскому единству продолжил под руководством епископа Э.Ж. де Смедта дальнейшую доработку текста, в которой вместе с Дж.К. Мюрреем приняли активное участие теолог-доминиканец Ив Конгар, секретарь Секретариата по содействию христианскому единству Йоханнес Виллебрандс, теологи Пьетро Паван и Ж. Амер. 9 октября 1964 г. несколько куриальных кардиналов, поддержанных личным папским теологом епископом Карло Коломбо, добились от папы Павла VI решения организовать для переработки декларации специальную комиссию, в состав которой были включены главные критики текста из числа соборных консерваторов, в том числе кардинал Майкл Браун, лидер «интегристов» архиепископ Марсель Лефевр и генеральный настоятель доминиканцев Анхель Фернандес. Известие об этом вызвало протест со стороны 17 кардиналов-«прогрессистов», они добились от папы исключения «интегристов» из состава комиссии и оставления работы над текстом в ведении Секретариата по содействию христианскому единству. 27 октября специальная комиссия одобрила новый вариант проекта декларации (textus emendatus), который 9 ноября рассмотрела и утвердила богословская комиссия Собора. 17 ноября он был роздан участникам Собора вместе с извещением, что его обсуждение и голосование по принятию «в целом» состоятся 19 ноября. Однако 18 ноября «интегристы» передали в президиум Собора петицию с подписями более 200 епископов, требовавшую отмены голосования по тексту из-за краткости времени, данного на ознакомление с ним. Вопреки протесту около 1 тыс. епископов, желавших обсудить проект до конца третьей сессии, папа согласился снять его с голосования. В начале 1965 г. Секретариат по содействию христианскому единству принял предложенный епископом К. Коломбо новый план документа, доработка которого с учётом присылаемых замечаний продолжалась под общей редакцией Дж.К. Мюррея. Одобренный в начале мая координационной комиссией очередной вариант текста декларации (textus reemendatus) в июне того же года был отослан участникам Собора вместе с пространными комментариями. Текст, излагавший богословскую трактовку религиозной свободы и её взаимосвязи с достоинством личности и свободой совести человека, был соотнесён с готовившимся в то же время текстом проекта пастырской конституции о церкви в современном мире, также затрагивавшим эти вопросы. Критика проекта декларации во время его первого обсуждения на четвёртой сессии (15–21 сентября 1965 г.) продолжала сводиться к расплывчатости употребляемых в нём формулировок и понятий, а также к указаниям на противоречие основной идеи текста традиционному социальному учению Римских пап XIX и XX вв.